In de toekomst, nadat de aarde in tweeën is gespleten, zoeken drie onwaarschijnlijke metgezellen, Wan (de tijger), Bud (de vogel) en Mei-Mah (de zeemeermin), een legendarische schat voordat hun menselijke vijanden dat doen.
Izu verschijnt plotseling voor Aruto in Satellite ZEA. Er lijkt echter iets mis te zijn met haar uiterlijk en spraak! Izu beweert dat ze lijdt aan een systeemfout en al haar gegevens op Zero-One is kwijtgeraakt! Om Izu's gegevens over Zero-One bij te werken, besluit Aruto terug te gaan en al hun eerdere gevechten opnieuw te bekijken.
In een ziekenhuis in Boston, het All Souls Hospital, probeert Dr. Mitchell Grace de waarheid te ontdekken over de angstaanjagende gebeurtenissen die teruggaan tot de burgeroorlog. De lagere verdiepingen van het ziekenhuis, ooit een psychiatrisch gesticht, worden achtervolgd door geesten van dode patiënten, waaronder Lazarus, een verpleger die het ziekenhuis welwillend rondspookt sinds zijn dagen bij Dr. Ambrosius na de burgeroorlog.
Veel overlevenden van de aarde zijn met succes geëvacueerd naar de Marsbasis, waardoor Sandy Neuman en de andere overgebleven strijdkrachten hun strijd tegen de machines moeten voortzetten. Dertig geheime raketsilo's zijn de beste keuze van de aardse strijdkrachten om de MME-citadel in Australië neer te halen, maar hun kameraden op Mars aarzelen om hun steun aan te bieden. Tegen alle verwachtingen in moeten Sandy en de bende het bloedvergieten doorstaan en wanhopig proberen het tij van de oorlog te keren, maar de MME zal niet zo gemakkelijk ten onder gaan...
Dr. Oki, de geniale wetenschapper die een nieuw type onderzeeër heeft ontworpen, ontbreekt. Zijn zoon, Susumu, ruikt een kwaadaardig plan van een onbekende groep. Hij weet alles van de onderzeeër van zijn vader genaamd 'Super 99': uitrusting, wapens, functies en capaciteit. Susumu denkt dat het vinden van zijn vader betekent dat je de geheime organisatie, Helmet Party, moet vinden en hun samenzwering moet stoppen. Met de hulp van zijn vrienden en het Korps Mariniers gaat hij op een onderwatermissie, niet wetende hoe gevaarlijk zijn onderneming is...