Loki "God of Mischief" weet de tesseract te bemachtigen, wat leidt tot zijn vrijheid. Hij kan zich nu door verschillende tijdsperioden verplaatsen en beïnvloedt daarmee de geschiedenis van de mensheid en enkele zeer belangrijke historische gebeurtenissen. Ook gaat Loki een samenwerking aan met de Time Variance Authority om het multiversum te beschermen.
Omdat Emma het niet uitmaakt met Daniel, word ze behekst en gaat ze gekke dingen doen als ze Daniel ziet. Jax en Andi proberen er achter te komen hoe ze dit ongedaan kunnen maken.
Medium Yoh Asakura doet mee aan een toernooi dat elke 500 jaar wordt gehouden en waarin de andere sjamanen strijden om de supermachtige sjamaankoning te worden.
Merlijn is een tiener wanneer hij zijn magische tovergave ontdekt. Nu moet hij dat talent nog goed en juist leren te gebruiken, wat heel wat oefening vergt. Merlijn wordt de page van Koning Uther Pendragons hofarts meester Gaius, die hem helpt om te gaan met zijn magische krachten en hem de beginselen van geneeskunde bijbrengt. Later wordt Merlijn aangewezen als schildknaap van de nobele, maar roekeloze kroonprins Arthur. Het lot van Arthur en Merlijn zal voor altijd nauw verbonden blijven.
De duisternis dringt binnen en de jonge exorcist Allen Walker is de grootste hoop van de mensheid tegen de kwade krachten die samenzweren om de beschaving op de knieën te krijgen. Akuma – wrede geesten geboren uit tragedie en verloren zielen – loeren in elke schaduw, bereid en gretig om de bevelen van hun leider, de gevreesde Millennium Earl, op te volgen. Met een oog vervloekt om het kwaad in zijn ware vorm te zien en gezegend met een arm om zielsverslindende demonen te doden, staat Allen klaar om het toenemende kwaad het hoofd te bieden. Als hij faalt, zal de onschuld voor altijd verloren zijn. De oorlog om het lot van de mensheid te beslissen is begonnen – en het bloedbad zal eindeloos zijn.
Lyra Belacqua, een wees, leeft in een parallel universum waarin wetenschap, theologie en magie met elkaar verweven zijn. Lyra's zoektocht naar een gekidnapte vriend onthult een sinister complot van gestolen kinderen en verandert in een zoektocht om een mysterieus fenomeen te begrijpen dat Dust wordt genoemd. Ze wordt vergezeld op haar reis door Will Parry, een jongen die een mes bezit dat vensters tussen werelden kan snijden. Terwijl Lyra de waarheid over haar ouders en haar voorspelde lot ontdekt, raken de twee verwikkeld in een oorlog tegen hemelse machten die zich over vele werelden uitstrekt.
Flapjack en Knarremans trekken met elkaar op en beleven dan allerlei absurde avonturen, zoals het laten opereren van de stem van Flapjack, omdat hij als een meisje klinkt, het doen van wensen met behulp van wensharten die Knarremans van een meermin heeft afgepakt of het zoeken naar het achterwerk van Knarremans.
De serie bevindt zich chronologisch gezien twintig jaar na de film Nemesis uit 2002. De vernietiging van de planeet Romulus van het Romulaanse Rijk in 2387, zoals vermeld in de film Star Trek, speelt een grote rol in deze serie. Picard leidde de missie die de Romulanen van Romulus moest redden. Er vond echter een tragedie plaats, waardoor hij stopte bij Starfleet en zich terugtrok in zijn wijngaard. De Romulanen voeren experimenten uit op mensen die een Borg zijn geweest. Een van die mensen is Dahj. Ze ontsnapt en wil de hulp van Picard.
Een groep vrienden heeft hun magnetron zo aangepast dat deze sms-berichten naar het verleden kan sturen. Terwijl ze verschillende experimenten uitvoeren, spoort een organisatie genaamd SERN, die hun eigen onderzoek naar tijdreizen heeft gedaan, hen op en nu moeten de personages een manier vinden om te voorkomen dat ze door hen worden gevangengenomen.
De Ark speelt zich 100 jaar in de toekomst af, wanneer planetaire kolonisatiemissies zijn begonnen als een noodzaak om het voortbestaan van de mensheid veilig te stellen. De eerste van deze missies op een ruimtevaartuig dat bekend staat als Ark One stuit op een catastrofale gebeurtenis die enorme vernietiging en verlies van mensenlevens veroorzaakt. Met nog meer dan een jaar te gaan voordat ze hun doelplaneet bereiken, een gebrek aan levensonderhoudende voorraden en verlies van leiderschap, moet de overgebleven bemanning de beste versie van zichzelf worden om op koers te blijven en te overleven.