In 2065 vecht de World Aquanaut Security Patrol (WASP) tegen de Aquaphibians, een ras van onderwaterkrijgers onder leiding van koning Titan, met de bedoeling aardbewoners uit te roeien om bezit te nemen van de aarde. Kapitein Troy Tempest staat aan het hoofd van het onderzeeërsquadron en zijn ultieme wapen, de Stingray, een atoomonderzeeër uitgerust met de nieuwste technologie.
Een groep geallieerde inlichtingenagenten ontdekt dat buitenaardse wezens eeuwen geleden op aarde zijn aangekomen en floreren door de uitbuiting van mensen. De groep denkt dat dit de oorsprong is van veel van de wezens die mensen kennen uit mythen, folklore en legenden, waaronder vampiers en weerwolven. Ze ontdekken dat deze buitenaardse wezens nu een sinister kader hebben gevormd dat erop uit is de wereld voor zichzelf over te nemen. Als reactie hierop vormen de agenten een uiterst geheime multinationale organisatie, bekend als The Global Alliance, die belast is met het beschermen van de wereld tegen de buitenaardse dreiging en het tegen elke prijs geheim te houden voor het publiek.
Kagami Sakamori was een van de topspelers in de VRMMO Ark Earth Online als Danblf, een ervaren summoner met de zwaartekracht die paste bij zijn elitestatus. Als hij op een dag al spelend in slaap valt, wordt hij getransporteerd naar een wereld waar het spel realiteit is, maar in plaats van zijn almachtige avatar zit hij vast in het lichaam van een schattig jong meisje! Hij kan niemand laten weten dat dit kleine schatje echt Danblf is, dus neemt hij de naam 'Mira' aan en beweert de leerling van Danblf te zijn. Als dit bekend wordt, zal hij het nooit overleven!
Midden in een oorlog tussen de families van Demitri Maximoff en Morrigan Aensland om de controle over de Demon World, arriveert de buitenaardse indringer Pyron op aarde en is van plan deze over te nemen door degenen uit te schakelen die de kans maken hem tegen te houden, namelijk de Darkstalkers. Ondertussen probeert dhampir Donovan Baine zich te ontdoen van het vervloekte bloed dat door zijn aderen stroomt.