De blinde Marie-Laure woont met haar vader in Parijs naast het Natuurhistorisch Museum, waar hij werkt als curator. Wanneer Marie-Laure twaalf is, bezetten de nazi's Parijs. Vader en dochter vluchten naar het Bretonse Saint-Malo; ze hebben echter de grootste en meest waardevolle schat van het museum meegenomen. Ondertussen belandt de Duitse Werner Pfennig, die opgegroeid is in een weeshuis in een Duits mijnstadje samen met zijn jongere zusje Jutta, bij de Hitlerjugend. Hij wordt vervolgens naar het front gestuurd. Via Rusland komt hij tenslotte in Saint-Malo terecht, waar zijn verhaal en dat van Marie-Laure kruisen.
Kinderen en tieners worden vrienden in een ziekenhuis waar ze allemaal patiënt zijn. Samen proberen ze te ontsnappen aan de trieste realiteit om hun eigen wereld te creëren met hun eigen codes, terwijl het verplegend personeel hun best doet om hen elke dag een beetje geluk te brengen. Charlie, die al enkele maanden in coma ligt, staat intussen hulpeloos in de drukte om hem heen. Hij ziet niets, maar hij hoort alles...
Nadat zijn vrouw op zee overlijdt, verhuist kapitein Charles Boone in 1850 met zijn drie kinderen naar een oud landhuis dat hij heeft geërfd. Hij zal daar moeten vechten tegen de duistere krachten die zijn familie al generaties teisteren.