We bevinden ons in een Meiji-tijdperk in Japan, waar mensen en youkai naast elkaar bestaan. Om de onderlinge conflicten het hoofd te bieden, richt de regering het 'Ministerie van Youkai en Volk' op, wiens taak het is de vrede te waarborgen. De medewerkers van het ministerie bestaan uit zowel mensen als youkais, evenals het mens-youkai-meisje van gemengd ras Zakuro. Samen strijden ze voor een beter begrip tussen de twee groepen.
Hiromi Maiharu is net verhuisd naar Kamakura. Om van het prachtige landschap van de stad te genieten, besluit ze naar haar nieuwe middelbare school te fietsen. Het is echter lang geleden dat ze heeft getrapt! Onderweg ontmoet ze Tomoe, en de twee meisjes sluiten zich samen aan bij de fietsclub van de middelbare school.
Amamizukan is een appartementencomplex waar geen jongens zijn toegestaan. Tsukimi, een meisje dat dol is op kwallen, woont daar gelukkig samen met haar vrienden die allemaal hun eigen nerdy obsessies hebben. Hun vredige leven begint geleidelijk te veranderen wanneer een mooie vrouw Tsukimi uit de problemen helpt. Ze overnacht in de appartementen, maar 'zij' blijkt in werkelijkheid een 'hij' te zijn.
Yuuto Suoh krijgt meer dan hij had verwacht als hij samen met zijn jeugdvriend Mitsuki Shimoya een stadslegende uittest. Wanneer hij zijn telefoon gebruikt om een foto van zichzelf te maken met de goddelijke spiegel van het plaatselijke heiligdom, wordt hij meegenomen naar een andere wereld – een wereld die zwaar doordrenkt is van de kennis van de oud-Noorse mythen. Door gebruik te maken van de kennis die hij op school heeft opgedaan en van zijn smartphone op zonne-energie, heeft hij de kans om de Wolf Clan, dezelfde mensen die voor hem zorgden, op de voorgrond te brengen, en tegelijkertijd de aanbidding te verdienen van een groep met magie zwaaiende krijgersmeisjes die bekend staan als als de Einherjar.