Het speelt zich af in een wereld waar het concept van muziek ophoudt te bestaan. Het verhaal begint wanneer een jongen Myuu tegenkomt, een mysterieus meisje dat een audio-ingang in haar lichaam heeft. De twee vermengen zich met de geschiedenis van de rockmuziek en beginnen aan een onvergetelijke reis.
Op de meeste gewone middelbare scholen doen veel verhalen en geruchten de ronde – sommige schandalig, sommige vrolijk en sommige...meer macaber. Een voorbeeld hiervan zijn monsters die op de loer liggen in een verlaten landhuis buiten de stad. Dergelijke verhalen blijken echter te verleidelijk om te weerstaan voor Hiroshi en zijn vrienden Mika, Takeshi en Takurou. Ze besluiten de geruchten gevaren te trotseren om het landhuis te onderzoeken en een moedtest te voltooien. Ieder van hen nadert het landhuis met een overweldigend gevoel van angst. En als ze binnenkomen, komen ze een blauw monster tegen genaamd Ao Oni dat hen aanvalt.
Terwijl Hiroshi en zijn vrienden de verschillende puzzels in het landhuis proberen op te lossen en aan hun nieuwe blauwe vijand te ontsnappen, komen ze verschillende vreselijke eindes tegen, maar dat mislukt jammerlijk.
Het verhaal speelt zich af op een bepaalde middelbare school waar verschillende moordzaken plaatsvinden. Kobayashi, een jongen die naar deze school gaat, ontmoet de geniale detective Akechi, die naar de school komt om het te onderzoeken. Kobayashi toont belangstelling voor Akechi en ondanks de zorgen van zijn vriend Hashiba biedt hij zich vrijwillig aan om Akechi's assistent te zijn.
Mei Ayazuki, een gewoon middelbare scholiere, wordt het voorwerp van genegenheid voor een stel knappe historische figuren wanneer ze per ongeluk terugreist naar Tokio tijdens het Meiji-tijdperk.
In de lente, wanneer de bloemblaadjes van de kersenbloesem vallen, verhuist Yū Narukami naar Yaso Inaba om bij zijn oom en neef te gaan wonen vanwege familieomstandigheden . Hij gaat naar de Yasogami High School, waar zijn schoolleven vol evenementen begint. Wanneer er echter seriemoorden plaatsvinden in het vredige stadje, wordt Yū wakker geschud door de kracht van zijn hart dat in een fysieke vorm is veranderd: A Persona. Binnen deze nieuwe mysteries bevindt zich Marie, een inwoner van de alternatieve wereld, de Fluwelen Kamer, die geen herinneringen heeft aan haar verleden. Samen met zijn vrienden moet Yū alle raadsels oplossen die voor hem liggen en Yaso Inaba redden van verder geweld.
Wie heeft er dialoog nodig als je zo schattig bent? De mooie (maar ongelukkige) Momoko, de coole, beheerste Shibumi en de verfrissend onschuldige Mayumi schitteren in een 'stille manga'. Geen toespraken, geen dialoog! Alleen maar foto's, geluidseffecten en drie middelbare scholieren die hun dagelijkse leven leiden.
Een middelbare scholier wiens jaren zonder vriendin van zijn leeftijd zijn, Keiki Kiryuu, ontvangt plotseling een liefdesbrief. Hij is blij dat hij eindelijk een vriendin kan hebben, maar is ook verbaasd omdat er niet alleen geen afzender op staat, maar ook wit ondergoed erbij zit…??? De schattige meisjes die zich om hem heen verzamelen zijn allemaal raar en met redenen!? Wie is de Assepoester die het ondergoed heeft gestuurd?
In de Edo-periode werden de samoerai door iedereen gerespecteerd, maar de komst van de Amanto (buitenaardse wezens) leidde tot het verval van de samoerai met het verbod op het dragen van het zwaard. Maar een jonge jongen genaamd Sataka Gintoki besluit op zijn eigen manier te leven door freelancer te worden (iemand die klusjes accepteert om service te verlenen). Vergezeld door zijn twee vrienden Kagura en Shinpachi leeft en vecht hij als bandieten.