Drie middelbare scholieren zijn bezig met het opzetten van een tijdelijke winkel genaamd 'PARK' in het Japanse Harajuku. Op een dag komen buitenaardse wezens naar de aarde met de bedoeling de cultuur van het beroemde district te stelen. Tegelijkertijd verschijnt er een mysterieus meisje. De drie meisjes werken samen om de buitenaardse dreiging te verslaan en hun geliefde Harajuku te beschermen.
Nishimura Taichi is een typische, gemiddelde middelbare scholier, en Azuma Rin is een mooie vrouw met de bouw van een model en uitstekende reflexen. De twee leiden een gewoon leven op de middelbare school, totdat ze op een dag plotseling in een mysterieuze magische cirkel terechtkomen en naar een onbekend land worden getransporteerd.
Die wereld is vol angstaanjagende monsters, beestmensen, dwergen, elven en vele andere rassen, rechtstreeks uit fantasie. Om te overleven in deze nieuwe wereld besluiten Taichi en Rin avonturiers te worden, maar wanneer ze de proeve van bekwaamheid afleggen, ontdekken ze dat ze allebei over magie op cheatniveau beschikken.
Katana Maidens: Mini Toji is een chibi-spin-off van de originele anime Toji no Miko. Naast de bekende personages rond Kanami en Hiyori uit de originele anime, bevat deze spin-off anime ook nieuwe personages uit de smartphonegame Toji no Miko: Kizamishi Issen no Tomoshibi. Deze keer ligt de focus niet op een epische strijd tegen de Aradama, maar op het dagelijkse leven van de meisjes tussen en na hun inspannende missies.