Na een vliegtuigongeluk komen zeven middelbare scholieren terecht in een parallelle wereld waar magie bestaat. Ze zijn niet echt verrast door deze vreemde situatie en bereiken echte prestaties: het creëren van een niet-elektrische energiecentrale, het overnemen van de economische controle over een grote stad en het bevrijden van de inwoners van de corrupte leiders die hen tiranniseerden... Niemand kan ze tegenhouden!
Kagura Tsuchimiya is eigenlijk een normale middelbare scholier en brengt gelukkige dagen door met haar twee vrienden Miku en Yacchi. Maar Kagura heeft een ongewone taak: samen met een speciale eenheid van de Environmental Protection Agency jaagt ze op demonen en geesten die mensen kwaad willen doen.
In de Edo-periode werden de samoerai door iedereen gerespecteerd, maar de komst van de Amanto (buitenaardse wezens) leidde tot het verval van de samoerai met het verbod op het dragen van het zwaard. Maar een jonge jongen genaamd Sataka Gintoki besluit op zijn eigen manier te leven door freelancer te worden (iemand die klusjes accepteert om service te verlenen). Vergezeld door zijn twee vrienden Kagura en Shinpachi leeft en vecht hij als bandieten.
Gevestigd in een wereld waar de mensheid de controle over de oceanen heeft verloren aan de ‘diepzeevloot’, is de enige hoop om deze dreiging het hoofd te bieden de Kanmusu, een groep meisjes die de geest van Japanse oorlogsschepen bezitten. Het verhaal draait om Fubuki, een torpedobootjager die naar de Chinjufu-basis komt om te trainen met andere Kanmusu. Kijk hoe hun verhalen zich ontvouwen!
Het verhaal speelt zich af in Shibuya. Ryuhei had als kind altijd naar zijn oudere broer opgekeken. Zelfs nadat hij getuige is geweest van zijn mysterieuze dood, groeit Ryuhei op tot een opgewekte middelbare scholier. Eén dag na zijn dagelijkse kickbokstraining wordt hij gebeten door een vreemd wezen dat zichzelf Tris noemt. Die nacht verstoort een ongewone droom zijn slaap. Terwijl de geruchten over 'Drops' door de stad circuleren, wordt Ryuhei geconfronteerd met een kracht van verwrongen verlangen. Wat staat hem verder nog te wachten?
Wanneer Haru en zijn metgezellen terugkeren naar het hoofdkwartier van Arc End Division 8, de organisatie die verantwoordelijk is voor het elimineren van de wezens genaamd Spirals, ontdekken ze dat de locatie gesloten is. Blijkbaar heeft iemand geld gestolen van het hoofdkwartier terwijl ze weg waren en moest het sluiten. Nu kunnen alleen zij, hun voormalige leider en een andere metgezel werken aan de wederopbouw van Divisie 8.
In de lente, wanneer de bloemblaadjes van de kersenbloesem vallen, verhuist Yū Narukami naar Yaso Inaba om bij zijn oom en neef te gaan wonen vanwege familieomstandigheden . Hij gaat naar de Yasogami High School, waar zijn schoolleven vol evenementen begint. Wanneer er echter seriemoorden plaatsvinden in het vredige stadje, wordt Yū wakker geschud door de kracht van zijn hart dat in een fysieke vorm is veranderd: A Persona. Binnen deze nieuwe mysteries bevindt zich Marie, een inwoner van de alternatieve wereld, de Fluwelen Kamer, die geen herinneringen heeft aan haar verleden. Samen met zijn vrienden moet Yū alle raadsels oplossen die voor hem liggen en Yaso Inaba redden van verder geweld.