Op een dag wordt de jonge Yuki in het land Astraea wakker zonder herinnering aan zijn verleden. Maar hij hoeft niet lang te zoeken voordat hij drie mede vechters ontmoet die zich al snel bij hem aansluiten bij het oprichten van een gilde voor fijnproevers: Kokkoro, die hem trouw is en hem wil begeleiden, de altijd hongerige zwaardvechter Pecorine en de katteoren Karyl. .
Vele jaren geleden werd Japan geteisterd door een Grote Burgeroorlog, waardoor het land gefragmenteerd raakte tussen twee regio's: Kansai en Kanto. In Kansai voert een groep van zes Akudama missies uit die hen zijn gegeven door een mysterieuze zwarte kat, terwijl ze de politie ontwijken. Maar een gevaarlijke reis staat op het punt zich te ontvouwen wanneer een burgermeisje verwikkeld raakt in de manier van leven van de Akudama en getuige is van hun criminele driften.
In de computer MMORPG “Cross Reverie” kon Sakamoto Takuma overweldigende kracht claimen, wat hem zelfs de bijnaam “Demon King” van andere spelers opleverde. Op een dag wordt hij gereïncarneerd in een andere wereld met de verschijning van zijn avatar. Daar beweren twee vrouwen zijn ware summoner te zijn en ze gebruiken allebei slavernijmagie voor opgeroepen beesten in de hoop hem onderdanig te maken. Dit leidt echter tot de activering van Takuma's vaardigheid 'Magic Reflection', waardoor hij niet haar slaaf wordt, maar beide vrouwen in zijn slaven verandert...
Terwijl een legendarische held de overwinning nadert op een doden bezweerder die bekend staat als The Corpse God, nemen de zaken een onverwachte wending met het laatste spel van de duistere tovenaar: reïncarnatiemagie. Deze laatste wanhopige poging overrompelt de dappere vechter, en nu is hij een jongen genaamd Polka Shinoyama in een geheel nieuwe wereld! De confrontatie tussen goed en kwaad is zojuist episch geworden.
Katana Maidens: Toji no Miko gaat over heiligdommaagden die de wereld sinds de oudheid beschermen door vreemde bestaansvormen, de zogenaamde “Aratama”, met hun zwaarden uit te drijven. Deze meisjes worden ook wel “Toji” genoemd en dienen als officiële politie-eenheid. Bovendien mogen ze van de overheid dienen als overheidsfunctionarissen en zwaarden dragen. Maar dat is nog niet alles, want speciaal voor deze bijzondere meisjes heeft de overheid vijf scholen in het land gebouwd. Naast hun taken kunnen ze ook een heel normaal leven leiden, maar zijn ze ook voorbereid op hun feitelijke taken om mensen te beschermen.
Elk voorjaar selecteren de vijf scholen hun beste Toji en sturen ze naar een toernooi, waar de meisjes hard trainen zodat ze hun school op de juiste manier kunnen vertegenwoordigen en hun vaardigheden kunnen verbeteren.
De vijftienjarige Yuna blijft liever thuis en speelt obsessief haar favoriete VRMMO dan iets anders te doen, inclusief naar school gaan. Wanneer een vreemde nieuwe update haar een unieke beren outfit geeft met overweldigende vaardigheden, is Yuna verscheurd: de outfit is ondraaglijk schattig, maar te gênant om in de game te dragen. Maar dan wordt ze plotseling getransporteerd naar de wereld van het spel, waar ze echte monsters en magie onder ogen moet zien, en het berenpak wordt het beste wapen dat ze heeft!