Een nieuw gebouwd hoogbouwgebouw in Barcelona is het toneel van mysterieuze sterfgevallen. De veiligheidsagent Randall en de parapsycholoog Gold vinden snel de reden: er is blijkbaar een bovennatuurlijke kracht aan het werk.
Nick, zijn vriendin Tayler en twee vrienden keren terug van een paar dagen kamperen. Wanneer ze 's avonds moeten tanken worden ze aangesproken door een vrouw die zich anders voordoet dan ze is. De jongeren worden overmeesterd en worden wakker in een ruimte van waaruit geen ontsnapping mogelijk lijkt. Er is wel een andere groep mensen aanwezig. De enige kans om te overleven is gebaseerd op een sociaal-psychologisch experiment en het produceren van een stof die het lichaam aanmaakt wanneer het blootgesteld wordt aan pijn.
Harry wordt verliefd op Julie in een bar in de wijk Miracle Mile in Los Angeles. Ze maken een afspraak, die hij mist, maar dan neemt hij per ongeluk een telefoon op, zodat hij te horen krijgt dat Amerika en de Sovjet-Unie een nucleare oorlog zijn begonnen en dat binnen een paar uur de eerste rakketten in L.A. zullen neerkomen. Harry gaat op zoek naar Julie om de stad te ontvluchten, maar dat valt niet mee in een stad die wordt geteisterd door rellen, terreur en rechteloosheid.
De onderzoeksjournaliste Anna probeert uit te vinden wat er is gebeurd met een vermiste vriend, die een ongeregistreerd middel tot zich nam. Het blijkt dat het mysterieuze spul eerder werd getest op burgers door de CIA. Het spoor leidt haar naar een donkere wereld van chemische testen. Ook stuit ze op mismaakte wezens, die achter haar aan zitten.
Álvaro Vizcaíno Albertos is een surfer die in zijn jeep op het eiland Fuerteventura (een van de Canarische eilanden) wakker wordt. De laatste nacht was hij blijkbaar dronken en had hij een gevecht met de metgezel van zijn vriendin Ona, nadat hij vernam dat ze hem ging verlaten voor zijn beste vriend.
De film begint bij Daryll (William Hurt), een nachtwaker met een fascinatie voor verslaggeefster Tony (Sigourney Weaver), die het vermoorde lichaam van een Chinees vindt. Darylls tot dan toe onbereikbare heldin Tony komt er een reportage van maken. Om haar langer aan zich te binden vertelt Daryll dat hij meer weet van de zaak. Helaas voor Daryll lokt die leugen naast Tony ook de moordenaars.
Trevor Adams is een highschool student, die het jaar daarvoor gedreigd heeft de school op te blazen door middel van een bom. Hij is nu weer terug op school en hij is het mikpunt van pesterijen door andere studenten.
TRON: The Next Day is een korte film van 10 minuten, uitgebracht op de Blu-ray-editie van TRON: Legacy in april 2011, die het achtergrondverhaal tussen TRON en TRON: Legacy invult. Het bevat scènes uit de echte Flynn Lives ARG en puur inhoud uit het universum. De korte film onthult ook de volledige chronologie van de Flynn Lives Organization, waarbij Roy Kleinberg wordt genoemd als de geheime figuur die de operatie leidt en Alan Bradley als financier. Sommige scènes in de korte film vormden ook het verhaal voor een mogelijke derde film.
De dochter van een Interpol-agent wordt door de Yakuza ontvoerd. De gangsters willen haar misbruiken voor mensenhandel. Het meisje zou als slavin verkocht worden. De agent neemt een gewelddadige crimineel in dienst om haar op te sporen en wraak te nemen op de organisatie.
Carlos (Luis Tosar), een bankdirecteur die zoals elke ochtend zijn kinderen naar school brengt. Onderweg krijgt hij een telefoontje van een onbekende die hem vertelt dat onder de stoelen bommen liggen die zullen exploderen als ze proberen uit te stappen. Carlos krijgt enkele uren de tijd om 400.000 euro aan de onbekende te overhandigen, anders zal zijn auto worden opgeblazen.
De pasgetrouwde Elizabeth komt met haar man Henry, een briljante wetenschapper, aan op zijn prachtige landgoed, waar hij haar verleidt met weelderige diners en een oogverblindende rondleiding door het pand. Het huispersoneel, Claire en Oliver behandelen haar eerbiedig, maar ze kan het gevoel dat er iets mis is niet van zich afschudden. Henry legt uit dat alles in zijn wereld nu van haar is. Hij verbiedt haar alleen om een afgesloten kamer te betreden. Wanneer hij weggaat voor zaken besluit Elizabeth op onderzoek uit te gaan en ontdekt dat ze misschien niet is wie ze denkt dat ze is.
Een kleine groep deserteurs is op de vlucht voor een voortrazende strijd. Ze worden gevangen genomen door twee mannen, O'Neil en Cutler. O'Neil is een alchemist en dwingt de groep hem te helpen om een verborgen schat te vinden die begraven ligt in een veld. Ze passeren een grote cirkel van paddenstoelen, die hen voorziet in hun eerste maaltijd. De groep verandert daarna in een chaotische, vechtende, paranoïde bende. Al snel blijkt dat de schat wel eens iets anders kon zijn dan goud en worden ze het slachtoffer van de angstaanjagende energieën die zich in het veld bevinden.
De mooie, jonge Dolores is de enige die verdacht wordt van de moord op haar beste vriendin. Haar vrienden proberen alles om haar onschuld te bewijzen, maar als de zaak voorkomt, brengt Dolores zelf hun hele zaak in gevaar.
Brits geheim agent Joseph Rearden neemt de schuld voor een overval op zich en komt zo in de gevangenis terecht. Zijn missie is om daar bevriend te raken met een crimineel en samen met deze persoon te ontsnappen en te infiltreren in zijn organisatie.
Een mysterieuze gemaskerde man, Judex, ontvoert een gewetenloze bankier en zet vervolgens diens kennissen tegen hem op. Het blijkt dat de vader van Judex iets te maken heeft met de wraak op de bankier.