Blue Demon keert terug in een van zijn beste avonturen, zoals Agent Zero, die deze keer wordt geconfronteerd met een criminele organisatie die de wereld probeert te vergiftigen met een dodelijk gas (waarvan de formule onbekend is). Deze keer is Zero (Blue Demon) de enige die gekwalificeerd is om de plannen van Hans, de kwaadaardige leider van de organisatie, te onderzoeken en te voorkomen.
Ninja Resurrection speelt zich af in het Tokugawa-tijdperk, in een tijd waarin christenen in Japan werden vervolgd. De leider van de Shimabara-opstand, Amakusa Shirō, hoopte weerstand te bieden aan de regeringstroepen die christenen zoals hij aanvallen, maar wordt vermoord. Kort daarna keert Amakusa's rusteloze geest terug om zijn gevallen kameraden te wreken en is het aan Yagyū Jūbei Mitsuyoshi om een einde te maken aan de demonische aanval.
Buitenaardse weerwolven van de maan vallen de aarde aan en stelen alle kaas. Het is aan Mandy, Grim, Billy en Sperg om de buitenaardse truc te stoppen.