De stad Yūbari in de prefectuur Hokkaido is een spookstad geworden na de aanwezigheid van Shadow Moon en zijn volgelingen van Gorgom. Makino, een wetenschapper die aan Gorgoms uiterst geheime robotexperiment werkt, ontsnapt uit de kwaadaardige organisatie en keert terug naar Tokio, maar ontdekt dat zijn vrouw en dochter zijn ontvoerd. Als Kamen Rider Black reist Kotaro naar Yubari om Makino's familie te redden en de stad te bevrijden uit de kwade greep van Shadow Moon.
Emma, een jonge verlamde, huurt de diensten in van de Bionic Clinic, een instelling onder voorzitterschap van Dr. Wuntz die voor het eerst door de staat is gemachtigd om een behandeling uit te voeren die bestaat uit het doden van Emma, het scheiden van haar hoofd en het nemen van haar naar een kamer waar het hoofd bij bewustzijn zal komen zolang de behandeling duurt, en het lichaam naar een operatiekamer zal brengen waar het, door middel van implantaten, volledig zal worden hersteld en de installatie van speciale talenten die Emma heeft gekocht. Maar Dr. Wuntz wil nog een stap verder gaan en riskeert het hele proces.
Een stad in verval, een enorme bevolkingsaanwas. Om deze onder controle te krijgen, worden de zogenaamde "Omegas" ontwikkeld. Na 20 jaar besluit de regering om deze te vernietigen met halfmenselijke "Prototypes".
Eve is een junglemeisje dat door apen is grootgebracht. Ze wordt samen met een aantal apen gevangengenomen door een gekke wetenschapper, die mindcontrol-experimenten op hen uitvoert. Uiteindelijk wordt ze bevrijd door een jonge ontdekkingsreiziger.