Het Galman Rijk werd vernietigd, maar de planeet Galmania nog niet, door een toevallige botsing van sterrenstelsels. De Bolar Federatie werelden waaronder Planet Bolar worden hierdoor vernietigd. De Yamato, terug onder het commando van Captain Okita, ontmoet de planeet Denguil te laat om zijn humanoïde beschaving te redden van overspoeling door de water planeet Waterman. De overlevende Denguili, een krijger ras die geloven dat alleen de sterken moeten overleven, zijn van plan om Aquarius te gebruiken om de Aarde te overspoelen en de mensheid te vernietigen, om zo een nieuwe thuis te creëren voor hun ras.
Zero X, het eerste bemande voertuig naar Mars, crasht al tijdens het opstijgen van de aarde door sabotage. Twee jaar later wordt een nieuwe poging gedaan een Zero X naar Mars te sturen, en de overheid vraagt International Rescue om de veiligheid op zich te nemen, ook al is er nog geen noodsituatie.
Een grote meteorenregen bombardeert onverwachts de planeet Aarde. Wetenschappers haasten zich naar de plaats van de eerste inslag en de race is begonnen om een oplossing te vinden om de mensheid te redden.
Dr. Roger Gerard heeft een methode ontwikkeld waarmee hij twee hoofden op een lichaam kan zetten. Wanneer de ontsnapte moordenaar Manuel Cass in de schuur van Roger blijkt te schuilen, besluit Roger het hoofd van de moordenaar te transplanteren naar het lichaam (inclusief hoofd) van zijn tuinman. Wanneer Cass echter het lichaam overneemt ontsnapt hij samen met de tuinman.
De 13-jarige Alice woont met haar vader Adam in een groot huis in het bos nadat ze in een auto-ongeluk haar moeder en een deel van haar rechterarm verloor. Alice is in zichzelf teruggetrokken en schiet niet op met haar vader die ze verantwoordelijk acht voor het ongeluk.