In de toekomst wordt de wereld geteisterd door een virus veroorzaakt door de mens zelf. Absolon is het enige middel (een soort drug) dat dit virus tegenhoudt, als je deze dan dagelijks inneemt, maar het is schaars en duur. De uitvinder van Absolon is vermoord en het is aan detective John Bassett (Lambert) om uit te vinden waarom.
Twee astronauten zijn er getuige van dat een satelliet in botsing komt met een UFO. Niemand gelooft hen, maar dan ontdekken ze dat de regering de beschadigde UFO verborgen houdt in een hangar. Ze proberen het gevaarte aan de wereld te laten zien, zodat ze niet meer voor dwazen worden uitgemaakt.
In een afgelegen, ondergrondse bunker injecteert een groep wetenschappers een lijk met een bijzonder virus, om hem zo weer tot leven te wekken en hem superkrachten te geven. Maar dan gaat het hele experiment gruwelijk mis. De wetenschappers willen vluchten voor hun leven, maar de deuren van de bunker zitten op slot en ze kunnen geen kant op.
Jaren na de gebeurtenissen van Megazone 23 II is de enige stad op aarde het zogenaamd idyllische Eden. Daar woont Eiji Takanaka, een B Level-hacker die zojuist is toegelaten tot EX, de organisatie die Eden controleert. Maar vóór zijn eerste werkdag raakt hij verwikkeld in een netwerkoorlog, een legendarisch figuur genaamd EVE, en een complot om de aarde opnieuw te bewonen.
In een briljante, moderne versie van het klassieke scheepswrakverhaal weet regisseur Marleen Gorris zowel het homoseksuele als het feministische perspectief vast te leggen. Nadat een groot vliegtuig neerstort op een onbewoond eiland waarbij de meeste passagiers om het leven komen, overleven twee vrouwen, vijf mannen en een hond: een Oost-Europeaan, een Canadese advocaat, een Franse bioloog, een welvarende Schotse financier, een jonge Amerikaan, een extraverte Australiër en een majoor in het Britse leger. De hoop op redding vervaagt als de overlevenden beseffen dat de wereld mogelijk een grote ramp heeft geleden. Ze zijn afhankelijk van hun eigen middelen en slagen er in eerste instantie in om harmonieus te leven. Maar geleidelijk lopen de spanningen op na een mislukte ontsnappingspoging. Intolerantie bedreigt hun voortbestaan als een van de mannen zichzelf begint op te werpen als leider van de groep.
Doug Woods is bekend van het populaire televisieprogramma "Man Vs.". Als onderdeel van het programma begeeft hij zich naar afgelegen locaties, waar hij vijf dagen alleen doorbrengt. Ook heeft hij geen voedsel of water bij zich.
De film begint een jaar na de gebeurtenissen van Galaxy Express 999. De jonge Tetsuro en zijn zorgzame metgezel Matel proberen het universum te bevrijden van het gemechaniseerde rijk dat de aarde bezet.