Na de dood van zijn vrouw verhuist Craig met zijn dochter, genaamd Jennifer, naar een nieuwe woning. Al snel ontdekt Craig dat er in het huis een kwaadaardige entiteit ronddwaalt en dat deze bezit wil nemen van zijn dochter. Wanneer Jennifer op een dag verdwijnt, is het aan Craig zijn dochter terug te vinden.
Ninja Resurrection speelt zich af in het Tokugawa-tijdperk, in een tijd waarin christenen in Japan werden vervolgd. De leider van de Shimabara-opstand, Amakusa Shirō, hoopte weerstand te bieden aan de regeringstroepen die christenen zoals hij aanvallen, maar wordt vermoord. Kort daarna keert Amakusa's rusteloze geest terug om zijn gevallen kameraden te wreken en is het aan Yagyū Jūbei Mitsuyoshi om een einde te maken aan de demonische aanval.
Een documentaireteam gaat op zoek naar 'All American Massacre', de verloren gegane 'Texas Chainsaw Massacre'-spin-off die in het jaar 2000 had moeten verschijnen. Sinds 2000 heeft de verblijfplaats van de film talloze geruchten en stadslegendes voortgebracht.