Dit deel speelt zich 100 jaar af na het eerste deel en de boze 'tree-demon' is weer terug. Dit keer moeten een boeddhistische priester en zijn leerling, hun krachten bundelen tegen de kwade geesten. Hierbij worden ze geholpen door de geest Lotus (Joey Wong) en door de op geld beluste zwaardvechter Yin.
Jean-Gab en Manu, twee eenvoudige vrienden, vinden een gigantische vlieg die vastzit in de kofferbak van een auto en besluiten hem te trainen om er geld mee te verdienen.
Verblind door het licht van een vallende meteoor, heeft David heeft een ernstig auto-ongeluk, wat leidt tot een grote ontdekking: een buitenaards organisme dat het geheim van het leven zelf kan bevatten. Wanneer David vermist is voor twee dagen, zoekt Annabelle haar vader en vindt hem zwervend door de bossen, zonder dat hij ook maar een schrammetje heeft. David's mysterieuze terugkeer trekt de aandacht van de federale overheid en geeft Annabelle reden om te twijfelen aan zijn geestelijke gezondheid. Maar David heeft een nieuw gevoel van doelgerichtheid, gevoed door nachtmerrieachtige visioenen. Gedreven door een naar zijn overtuiging buitenaards doel, moet David Annabelle overtuigen om hem te geloven en hem zijn taak laten uitvoeren vooraleer de overheidsagenten hem kunnen stoppen en voor de wereld zichzelf vernietigt.
De film over MacLeod vertelt het verhaal van de speurtocht van 'de onsterfelijken' naar de Heilige Graal: de bron van onsterfelijkheid. De wereld verkeert in chaos en MacLeod denkt terug aan de gelukkige tijden die hij heeft gekend. Ontevreden over hoe de wereld er nu uitziet, begint hij samen met een groep vrienden een zoektocht naar de bron van hun onsterfelijkheid.
Als een van de leraren van de universiteit, per ongeluk drie studenten materiaal en aan wijzingen geeft om een atoombom te maken. Krijgt Peter Parker de schuld, dus Spider-Man moet de zaak maar oplossen.
Valerie is een tienermeisje dat bij haar oma woont. Ze wordt zich bewust van haar seksualiteit, juist als er een kermis in de stad komt. Eagle is een jonge man die haar een paar magische oorbellen geeft. Haar fantasie begint wanneer ze droomt dat ze de dochter is van een bisschop en haar oma een vampier is.
Een luchtpop komt plotseling tot leven. Zonder dat de eigenaar het weet maakt ze een wandeling door de stad en wordt ze verliefd. Alles lijkt perfect te gaan voor haar, totdat er iets onverwachts gebeurt.
De jonge Jesse wordt de nieuwe eigenaar van het vervloekte huis. Als hij dan in de kelder dingen leest over zijn over- overgrootvader en het geheim van een krachtige en bovennatuurlijke Aztekenschedel, gaat hij samen met zijn goede vriend Charlie op onderzoek uit. Als ze Jesse's overgrootvader dan opgraven, blijkt de beste man nog steeds te leven. Deze 'Gramps' is in leven gebleven door het magische schedel en voelt zicht, zelfs zeventig jaar na zijn dood, nog kiplekker. Maar dan ontdekken Jesse, Charlie en Gramps dat er in het oude huis nog iemand is die het schedel wil hebben.
De film begint met de eerste jaren van Mamoru Endou bij Raimon. De eerste helft van de film laat zien wat er gebeurde tijdens de Football Frontier, totdat de finalewedstrijd met Ogre was in plaats van Zeus. Omdat de meeste leden gewond waren, verloren ze bijna de hoop, totdat Kanon zichzelf voorstelde als Mamoru's achterkleinzoon, en andere vrienden uit de nabije toekomst (Fubuki, Toramaru, Hiroto, Tobitaka en Fidio) kwamen opdagen om hen te helpen. Met de extra kracht en na een geweldige wedstrijd zijn ze in staat Team Ogre te verslaan.
Als Joans echtgenoot sterft, ontdekt ze tot haar schrik dat hij een elixer heeft uitgevonden waardoor de drinker er weer jong uitziet. Ze deelt het met haar twee vrienden en schilderen de stad rood, maar ontdekken al snel dat ze niet langer toegerust zijn om jong te zijn in de moderne wereld.