New York, 1855. Lucky Luke escorteert de Daltons voor het zoveelste proces. Onvermijdelijk slaat het viertal op de vlucht en plunderen ze nadien talrijke banken. Met de politie op de hielen verbergt Joe Dalton de buit in de woonwagen van een stel immigranten die naar Californië vertrekken. Deze mensen zijn blijkbaar het slachtoffer van een schaamteloze oplichter en hebben maar tachtig dagen om hun grondgebied in Californië op te eisen. De eenzame cowboy besluit de moedige immigranten te helpen en hoopt ook de vinnige Daltons weer in te kunnen rekenen.
De film begint een jaar na de gebeurtenissen van Galaxy Express 999. De jonge Tetsuro en zijn zorgzame metgezel Matel proberen het universum te bevrijden van het gemechaniseerde rijk dat de aarde bezet.
Yeeh aa! Bob en zijn team reizen af naar Cactus Creek, voor een echte wild west vakantie! Daar ontmoeten ze de cowgirl Rio Rogers, haar paard Dollar en pick-up truck Jackaroo. Muck is vastbesloten om in Cactus Creek een spannend cowboy avontuur te beleven, en zijn wens wordt verhoord als Spud vast komt te zitten in een verlaten mijnschacht. Muck schiet direct te hulp en zit al snel middenin het grootste avontuur dat hij ooit heeft meegemaakt!
De Earth Forces hebben een ander schip van de Archangel-klasse in gebruik genomen, de Dominion; zijn enige missie is het vernietigen van de afvallige Aartsengel. Naarmate de eindstrijd nadert, is het mogelijk dat de mensheid zelf het slachtoffer zal zijn. Kira, Athrun en de anderen moeten een oorlog stoppen die beide partijen met genocide bedreigt!