Mutanten, mensen met een afwijkende genetische opmaak, die hen zeer bijzondere krachten geeft. Sommige mensen zien het als een geschenk uit de hemel, anderen als een vloek. Professor Charles Xavier en zijn team behoren tot die eerste groep en proberen op Xavier's school jonge mutanten te laten opgroeien met hun speciale krachten. Maar niet iedere mutant gebruikt zijn krachten voor goede doeleinden. Zo wil de mensenhatende Eric Lensherr, alias Magneto, zijn krachten gebruiken om de mensheid uit te roeien. Het is aan Xavier en zijn team om Magneto te stoppen.
Vier jaar na de gebeurtenissen in de eerste Jurassic Park film verklapt John Hammond aan Ian Malcolm dat er nog een ander eiland was vol dino's. Deze zijn verder met rust gelaten, en Hammond is erg benieuwd naar de dieren in een natuurlijke omgeving.
Nadat Becca een verontrustend telefoontje heeft ontvangen van haar suïcidale broer Richie, snelt ze naar zijn appartement en vindt hem levend en wel - omringd door kopieën van zijn eigen lijk.
Wanneer een onbekende, vermoedelijk een mutant met buitengewone krachten, de president aanvalt krijgen de mutanten met nog meer argwaan en discriminatie te maken dan al het geval was. Er komt bredere steun in de samenleving voor een registratieplicht voor mutanten. Militair leider William Stryker is één van de grootste voorstanders van dit plan, en leidt een aanval op de X-Men opleiding. De ontsnapte Magneto begint een opmerkelijke samenwerking met Professor Xavier om Stryker te stoppen. Ondertussen begint Wolverine een onderzoek naar zijn verleden.
Via de mutant Jimmy heeft men een 'geneesmiddel' voor mutatie uitgevonden. Voor het eerst in hun leven hebben mutanten nu een keus: hun krachten, waardoor ze niet geaccepteerd worden door de samenleving, behouden of hun krachten opgeven zodat ze menselijk worden. Ondertussen probeert Magneto een leger mutanten bij elkaar te krijgen om het geneesmiddel te vernietigen en ontdekken Charles Xavier en zijn mutanten dat Jean Grey terug is. Maar ze is niet helemaal zichzelf.
Dr. Alan Grant wil graag zijn dinosaurus-onderzoek voortzetten. Hij wordt door de rijke avonturier Paul Kirby en zijn vrouw Amanda uitgenodigd om als gastheer op te treden bij een tour over Isla Sorna.
Wanneer iedereen in de stad in de ban raakt van de charismatische cosmetisch chirurg dokter Coppelius, moet de pittige Swan in actie komen om haar geliefde Franz te redden, voordat zijn hart wordt gebruikt om Coppelia tot leven te wekken – de ‘perfecte’ robotvrouw die de dokter heeft gecreëerd.