Ninja Resurrection speelt zich af in het Tokugawa-tijdperk, in een tijd waarin christenen in Japan werden vervolgd. De leider van de Shimabara-opstand, Amakusa Shirō, hoopte weerstand te bieden aan de regeringstroepen die christenen zoals hij aanvallen, maar wordt vermoord. Kort daarna keert Amakusa's rusteloze geest terug om zijn gevallen kameraden te wreken en is het aan Yagyū Jūbei Mitsuyoshi om een einde te maken aan de demonische aanval.
Een circuseigenaar probeert een mysterieuze Bunyip te vangen, maar Dot en haar bushland vrienden proberen zijn plannen te dwarsbomen. Dot ontdekt al snel dat het circus slechts een dekmantel is voor een internationale smokkeloperatie voor wilde dieren. Gesteund door haar vrienden, Burra de Kookaburra en twee bokskangoeroes, gaat Dot op oorlogspad.
Sylvester Cat en zijn zoon Junior wonen op een vuilnisbelt en Junior besluit een huis voor hen te zoeken. Dat doet hij, maar de dikke dame die daar woont wil alleen Junior adopteren en scheidt het kitten van zijn vader. Sylvester doet dus een aantal pogingen om toegang te krijgen tot haar huis.
Op een dag worden de dieren te kleurrijk: er is voortdurend oorlog tussen de mensen. Als Alois, de leeuw, hoort dat de 365e Vredesconferentie zojuist is mislukt, besluiten de dieren dat het de hoogste tijd is om in te grijpen: ze noemen hun eigen 'dieren'-vredesconferentie. Met veel moed en nog meer verbeeldingskracht ontwikkelen ze een plan zodat Frides eindelijk de overhand kan krijgen onder de mensen van de wereld...