Het huidige Londen, een van 's werelds meest dynamische en multiculturele steden, wordt verscheurd door de turbulente machtsstrijd tussen internationale bendes en het plotselinge machtsvacuüm dat ontstaat wanneer het hoofd van de meest machtige misdaadfamilie wordt vermoord. 20 jaar lang was Finn Wallace de machtigste crimineel in Londen en elk jaar stroomden er miljarden ponden door zijn organisatie. Maar nu is hij dood - en niemand weet wie dit op zijn geweten heeft. Met overal rivalen, is het aan de impulsieve Sean Wallace, met de hulp van de familie Dumani onder leiding van Ed Dumani, om de plaats van zijn vader in te nemen.
Nadat Maebara Keiichi naar het rustige stadje Hinamizawa is verhuisd, brengt hij zijn dagen zalig door op school en speelt hij vaak spelletjes met zijn plaatselijke vrienden. Schijn bedriegt echter. Op een noodlottige dag stuit Keiichi op nieuws over een moord in Hinamizawa. Vanaf dit punt ontvouwen zich gruwelijke gebeurtenissen voor Keiichi, terwijl hij er al snel achter komt dat zijn goede vrienden misschien niet alles zijn wat ze lijken. Gebaseerd op het amateur-mysteriespel van 07th Expansion, wordt het verhaal verteld in een reeks verschillende scenario's.
Kakeru, een voormalige eliterenner op de middelbare school, wordt achtervolgd omdat hij voedsel heeft gestolen. Hij wordt gered door Kansei University-student Haiji, die ook hardloper is. Haiji haalt Kakeru over om in het oude appartement 'Chikuseisou' te gaan wonen, waar hij van plan is samen te werken met medebewoners om deel te nemen aan de Hakone Ekiden Marathon, een van de meest prominente universiteitsraces in Japan. Kakeru komt er al snel achter dat alle bewoners, behalve Haiji en hijzelf, complete beginners zijn.