In de lente, wanneer de bloemblaadjes van de kersenbloesem vallen, verhuist Yū Narukami naar Yaso Inaba om bij zijn oom en neef te gaan wonen vanwege familieomstandigheden . Hij gaat naar de Yasogami High School, waar zijn schoolleven vol evenementen begint. Wanneer er echter seriemoorden plaatsvinden in het vredige stadje, wordt Yū wakker geschud door de kracht van zijn hart dat in een fysieke vorm is veranderd: A Persona. Binnen deze nieuwe mysteries bevindt zich Marie, een inwoner van de alternatieve wereld, de Fluwelen Kamer, die geen herinneringen heeft aan haar verleden. Samen met zijn vrienden moet Yū alle raadsels oplossen die voor hem liggen en Yaso Inaba redden van verder geweld.
Zelfs na de dood is het leven vol papierwerk en criminelen. Tsuzuki Asato is een 26-jarige, vrolijke en sukkelige shinigami (god van de dood) wiens taak het is ervoor te zorgen dat degenen die dood zijn dood blijven en in hun juiste rijk blijven. Ook al heeft hij deze baan al meer dan 70 jaar, hij zit in de slechtste divisie en krijgt een verschrikkelijk salaris. Hij heeft ook de gave om partners niet te behouden (aangezien shinigami in paren werkt), maar nu lijkt hij er een te hebben die blijft hangen; koppig, slim, serieus en defensief 16-jarige Kurosaki Hisoka. Met elke zaak die ze onderzoeken, komen ze dichter bij de samenzweringen van de seriemoordenaar Dr. Muraki Kazutaka. Tsuzuki's relatie met Hisoka wordt sterker en hechter... maar de manier waarop Tsuzuki stierf heeft een duister verleden dat hem geen vrede zal schenken.
Nadat Satoru zijn moeder vermoord heeft aangetroffen, neemt Satoru's tijdreisvermogen hem 18 jaar mee in de tijd voor een kans om haar dood en die van drie klasgenoten te voorkomen.