Een anonieme veteraan arriveert per boot in een klein stadje dat wordt geterroriseerd door een corrupte politiemacht. De omstandigheden leiden ertoe dat de politie onder leiding van een hoge officier de veteraan het bos buiten de stad in jaagt. Alleen gewapend met zijn mes en de spullen die hij in verlaten gebouwen vindt, gebruikt hij zijn special forces-training om de goed bewapende maar ongedisciplineerde politie te verslaan die naar hem op zoek is.
Shunichi Domoto is een getalenteerde sportieve jongen uit de 5e klas die gewend is sportteams op zijn school te helpen. Hij gaat een Yoyo-duel aan tegen een pester genaamd Benkei om zijn vriend Beso te helpen zijn Yoyo terug te krijgen, die door de pestkop was gestolen. Hij sloeg hem in elkaar, maar daarna ontmoet hij de uitzonderlijk begaafde Yoyoer, Seito Hojoin, die hem in elkaar sloeg omdat hij het Yoyo-spel belachelijk maakte. Dus Shunichi doet mee aan het Japanse Yoyo-kampioenschap om wraak te nemen op Seito. Gedurende dit kampioenschap verdient hij nieuwe jojo-vaardigheden en ontmoet hij krachtige rivalen.
De New Generation Ultras werken samen om de League of Darkness te bestrijden, een kwaadaardige organisatie onder leiding van Ultra Dark-Killer, bestaande uit een selectie vijanden die eerder door de Ultras werden bevochten, samen met kwaadaardige klonen van bestaande Ultras.
Misha is een klein meisje dat op jonge leeftijd haar moeder verloor en nu bij haar vader woont. Haar vader heeft een dienstmeisje in dienst genaamd Tsubame, een voormalig ambtenaar van de Zelfverdedigingsmacht, en ook een lolicon.