1000 jaar na het tijdperk van prinses Mikoto zijn alle jagers in kaarten verzegeld vanwege een incident in het verleden. De avontuurlijke jongen Hagan wordt de sleutel tot het bevrijden van deze verzegelde jagers en reist samen met zijn vrienden om deze kaarten te vinden, waarbij hij soms verraderlijke gevechten tegenkomt.
Monkart-racer Jin en zijn monster Draka reizen naar toernooien in het hele koninkrijk Camon. Onderweg maken ze vrienden en vechten ze met een kwaadaardige macht.
Federatietroepen en Zeon-troepen voeren een felle strijd in de Thunderbolt Sector in wat ooit Side 4 'Mua' was. De Thunderbolt Sector is een ondiepe zone die bestaat uit het puin van vernietigde ruimtekolonies, genoemd naar de elektrische ontladingen van het metaalpuin. MS-piloot Io Flemming behoort tot de Federatie-soldaten die naar het gebied worden gestuurd, waar Zeon-sluipschutter Daryl Lorenz hen op het slagveld opwacht.
Nadat hij was verslagen in een oorlog tegen een binnenvallend koninkrijk, werd de militaire macht van de Prins van Qi afgenomen. Zijn broer, de prins van Yun, besloot van de gelegenheid gebruik te maken om de hemelvaart van de jonge keizer te steunen. Prins Qi bereikte een stilzwijgende overeenkomst met de keizer en besloot zich terug te trekken uit gerechtelijke zaken. Ondertussen ondernam hij in het geheim een zoektocht naar de waarheid onder de alias Pei Zhao. Tijdens zijn reis ontmoet hij de jonge detective Su Ci, de jonge meester Xie Bei Ming en de gifmeester Dong Ru Shuang. Terwijl de vier samenwerken om een reeks mysteries op te lossen, ontdekken ze ook elkaars en hun eigen geheimen