Het is 1922. De onconventionele archeoloog Danny Freemont staat bekend om zijn vergezochte theorieën over de pyramides, over Atlantis, over buitenaardse beschavingen en over het Egyptische boek van de doden. Daarmee pleziert hij zijn studenten aan de universiteit van Caïro, maar iriteert hij serieuze egyptologen al de uiterst aantrekkelijke Dr. Azelia Barakat, met name als hij speculeert over het leven en de dood van Toetanchamon. Freemont is ervan overtuigd dat het Tablet van de Smaragd, dat zich in de tombe van Toetanchamon zou bevinden, gebruikt kan worden om te heersen over de wereld. Jammer genoeg is de enige die in deze theorie gelooft, de boosaardige archeoloog Morgan Sinclair, lid van de zogenaamde Hellfire Council, een satanistisch geheim genootschap.
Giovanni is een sluipmoordenaar tijdens de Renaissance in de 15e eeuw in Italië. Aan het begin van een nieuw tijdperk wordt een samenzwering beraamd door een corrupte familie om de machtige Medici-familie omver te werpen en een verenigd Italië te vernietigen. Als een sluipmoordenaar moet Giovanni deze dreiging voorkomen en gerechtigheid brengen. Het verhaal introduceert de situatie voor Assassin's Creed II en de vijanden van beide karakters.