De anime begint met uitwisselingsstudent Tatsuma Hiyuu die arriveert op Magami High School. De schooldelinquent Kyouichi Houraiji daagt hem uit om in de klas te vechten. Houraiji is een zwaardvechter en Hiyuu is bedreven in vechtsporten. De aanvoerder van de worstelclub, Yuuya Daigo, wil ook zijn krachten testen met Hiyuu en ze ontmoeten elkaar in een vervallen gebouw vlakbij de school. Maar de ontmoeting van de drie blijft niet onopgemerkt, want studentenvertegenwoordiger Aoi Misato en de vrouwelijke aanvoerder van de Kyudo-club Komaki Sakurai willen voorkomen dat de jongens gaan vechten. Plots verschijnen er vreemde vlekken op de huid van de vijf studenten en verschijnt er een demon. Ze slagen erin hem te verslaan, maar zijn daarna niet slimmer dan voorheen. Waar komen deze vlekken op haar huid vandaan? Wie zit er achter de demonenaanvallen? En waarom hebben ze plotseling deze speciale vaardigheden en krachten?
In de Edo-periode werden de samoerai door iedereen gerespecteerd, maar de komst van de Amanto (buitenaardse wezens) leidde tot het verval van de samoerai met het verbod op het dragen van het zwaard. Maar een jonge jongen genaamd Sataka Gintoki besluit op zijn eigen manier te leven door freelancer te worden (iemand die klusjes accepteert om service te verlenen). Vergezeld door zijn twee vrienden Kagura en Shinpachi leeft en vecht hij als bandieten.
Nadat hij zeven jaar geleden de bijna uitsterving van de mensheid had veroorzaakt, moet de geniale wetenschapper Leon Lau nu de ecologische ramp bestrijden die hij onbewust heeft veroorzaakt.
In de late Edo-periode had Japan een ongekende crisis doorgemaakt door Kurofune (Black Ships), de schepen uit het buitenland. Maar een gigantische robot genaamd Onigami, die al sinds de oudheid bestaat, verdreef de Kurofune-schepen en de uitsluiting van buitenlanders werd bereikt. Het verhaal begint in Japan, waar de Meiji-restauratie in 1868 niet heeft plaatsgevonden.
Geïnspireerd door de wereldwijde hitfilm met dezelfde naam, volgt deze Kiwi-actieserie Waka Nuku Rau, een krijger die eer moet vinden in een land dat verwoest is door het bovennatuurlijke. Hij wordt geholpen door een jonge vrouw, Mehe, die vastbesloten is hem te helpen met zijn oorzaak.