Er is een ras van kannibaalmonsters genaamd 'Shokujinki' en het is de taak van de Kifuuken om ze tegen te houden. Momota Toshihiko, een ervaren zwaardvechter en zoon van de leider van de Kifuuken-organisatie, wordt op het eerste gezicht onverwacht verliefd op een meisje genaamd Yuka. De relatie van het stel is in ieder geval veel ingewikkelder dan het op het eerste gezicht lijkt, want... Yuka is een Shokujinki.
'Hundred' - dat is het enige wapen dat de mysterieuze levensvorm 'Savage' ervan kan weerhouden de aarde te bezoeken. De hoofdpersoon, Kisaragi Hayato, wil met deze Honderd een Martial Arts Master worden. Hij slaagde erin de slagschipuniversiteit Little Garden binnen te komen. Maar... 'Ik wilde je zien, Hayato!!!' 'H-Hoe weet je mijn naam?' Bij de huisgenoot, Emil Crossford, die hem op de een of andere manier goed kent (?), krijgt Hayato een ongemakkelijk gevoel. Bovendien wordt hij vlak na de toegangsceremonie voor een duel gevraagd door de sterkste vechtsportmeester van de campus, 'Koningin' Claire Harvey...!? De ultieme academiestrijd begint hier!
Professor Yamatone en zijn familie bezoeken het huidige Egypte en ontdekken een oud graf dat toebehoort aan een god van gerechtigheid en beschermer van de zwakken, bekend als Ogon Bat. Wanneer de professor gevangen wordt genomen door Gorgo, agent van de kwaadaardige Dr. Erich Nazō (ナゾー), smeekt zijn dochter Mari Ogon Bat om haar vader te redden. Terwijl ze begint te huilen, vallen haar tranen in het graf van Ogon Bat en brengen hem weer tot leven. Vanaf dat moment roept Mari Ogon Bat op om tegen het kwaad te vechten.
Tijdens het begin van de 20e eeuw waren wetenschappers, samen met de technologische vooruitgang, in staat verfijnde magie te ontwikkelen. De combinatie van wetenschap en tovenarij was Makinot, circuits gemaakt van spreuken die in objecten werden gestopt om ze tot leven te brengen en zelfs een persoonlijkheid te krijgen. Het werd ontwikkeld als militair wapen en heeft zich nu over de hele wereld verspreid. Akabane Raishin gaat nu naar de Koninklijke Academie om de beste ter wereld te worden. Vergezeld door het lieve tienermeisje Yaya, die eigenlijk het poppenwapen van Raishin is, is hij van plan om naar de top van de klas te stijgen. Zijn testscores komen echter bijna op de laatste plaats, hoewel zijn gevechtsvaardigheden en vastberadenheid ongeëvenaard zijn. Als hij als koning uit de kast wil komen, moet Raishin concurreren met de dodelijkste klasgenoten.