Holy Knight is het verhaal van een jonge mannelijke vampierdoder die met tegenzin verliefd wordt op een mooie vrouwelijke vampier uitwisselings student en hun persoonlijke strijd om hun bloedige, voorbestemde conflict te vermijden.
Drie middelbare scholieren zijn bezig met het opzetten van een tijdelijke winkel genaamd 'PARK' in het Japanse Harajuku. Op een dag komen buitenaardse wezens naar de aarde met de bedoeling de cultuur van het beroemde district te stelen. Tegelijkertijd verschijnt er een mysterieus meisje. De drie meisjes werken samen om de buitenaardse dreiging te verslaan en hun geliefde Harajuku te beschermen.