Dit is Gameindustri. Wezens die Godinnen worden genoemd, regeren de landen van deze onwerkelijke wereld. De vier godinnen regeren vier staten: Planeptune, Lastation, Lowee en Leanbox. Vele jaren lang vochten deze landen met elkaar om de Share, de bron van de macht van de Godinnen. Omdat ze echter bang waren dat het conflict hun kracht zinloos zou uithollen, ondertekenden de godinnen een vriendschapsverdrag dat hen verbood het aandeel met geweld in te nemen. Onder het verdrag zetten de Godinnen en hun jongere zussen een stap voorwaarts naar een nieuwe fase in hun relaties. Het is het begin van een nieuw, dynamisch tijdperk dat af en toe wordt gekenmerkt door gedeeld gelach, geschillen en samenwerking. Maar wat heeft de toekomst in petto voor Gameindustri...?
In de Edo-periode werden de samoerai door iedereen gerespecteerd, maar de komst van de Amanto (buitenaardse wezens) leidde tot het verval van de samoerai met het verbod op het dragen van het zwaard. Maar een jonge jongen genaamd Sataka Gintoki besluit op zijn eigen manier te leven door freelancer te worden (iemand die klusjes accepteert om service te verlenen). Vergezeld door zijn twee vrienden Kagura en Shinpachi leeft en vecht hij als bandieten.
Het verhaal gaat over een tienerjongen die toevallig een shougi-meester is. Op een dag komt er een negenjarig meisje bij hem thuis met het verzoek om als zijn discipel te worden genomen. Van daaruit volgen allerlei gekke grappen.
Het is het jaar 2070. Een enorm object verschijnt aan de hemel van Tokio en veroorzaakt verwarring. De UFO wordt plotseling vernietigd door een ander enorm object dat verdwijnt. De regering geeft vervolgens het bestaan van buitenaardse wezens toe. Een paar dagen later arriveert de vreemde Muryo Subaru op de Misumaru Middle School en raakt bevriend met Hajime Murata. Terwijl Muryo betrokken raakt bij kleine ruzies tussen de raden van afgevaardigden in dit college, verzamelen vreemde mensen met bovennatuurlijke krachten zich in dit college en lijken ze verbonden te zijn met de verschillende UFO's die we zien.
Hibiki Sakura is een doorsnee middelbare scholier, met een vraatzuchtige eetlust. Als ze merkt dat haar kleren strakker worden in plaats van haar langzaam uitdijende taille, besluit ze zich in te schrijven voor de nabijgelegen sportschool. Daar komt ze een meisje uit haar klas tegen dat Souryuuin Akemi heet.
Akemi, die een spierfetisj heeft, probeert Hibiki zover te krijgen dat zij zich inschrijft voor de sportschool, ondanks het hoge percentage machomannen. Gelukkig verschijnt er een mooie trainer, Machio, die haar onbewust overtuigt om zich in te schrijven en haar zoektocht naar een geweldig lichaam te beginnen.
In eerste instantie raakt Takayuki Narumi alleen bevriend met Mitsuki Hayase omdat Mitsuki's beste vriend, Haruka Suzumiya, verliefd op hem is; maar sindsdien zijn Takayuki, zijn vriend Shinji Taira en Mitsuki uitgegroeid tot de beste vrienden. Haruka bekent aan Takayuki haar liefde voor hem. Takayuki wil haar gevoelens niet kwetsen en stemt ermee in om met haar uit te gaan. Na een paar incidenten wordt hun relatie intiem, zelfs terwijl Takayuki en Mitsuki hun gevoelens voor elkaar beginnen te beseffen Als het noodlot toeslaat, zijn de zaken voor deze vier vrienden nooit meer hetzelfde.
In het land Midgard verbreekt een bloeddorstige veroveraar het zegel dat Dhaos vasthoudt, de demonenkoning wiens doel het is om de hele mensheid uit te roeien. Een paar overlevenden van deze destructieve gebeurtenis hebben zich verenigd in een poging om te vechten tegen de naderende duisternis en chaos. Een krijger, geestelijke, heks, summoner, boogschutter en ninja vormen de Helden van Ruimte en Tijd terwijl ze Dhaos meedogenloos achtervolgen om zijn verovering van de dood te beëindigen.