Het evenwicht van de werelden wordt in stand gehouden door helden. Plots valt een gloeiend hete meteoor op een van deze werelden, genaamd Neo World. Een aan geheugenverlies lijdende jongere genaamd Wukong Impulse Gundam verschijnt op het punt waar hij landde. De chaos die met dit incident begint, verspreidt zich de een na de ander over de andere werelden. Tegelijkertijd leert Zhuge Liang Freedom Gundam via astrologie over een naderende ramp. Hij en zijn gezworen vriend Liu Bei Unicorn Gundam ondernemen actie om de werelden van deze crisis te redden en beginnen samen met Wukong aan een reis. Nu begint een nieuw verhaal over helden!
In de late Edo-periode had Japan een ongekende crisis doorgemaakt door Kurofune (Black Ships), de schepen uit het buitenland. Maar een gigantische robot genaamd Onigami, die al sinds de oudheid bestaat, verdreef de Kurofune-schepen en de uitsluiting van buitenlanders werd bereikt. Het verhaal begint in Japan, waar de Meiji-restauratie in 1868 niet heeft plaatsgevonden.
Hatogaya Kohane wordt aan het einde van de middelbare school verliefd op cheerleading en begint op de middelbare school een cheerleadingclub met Arima Hizume en Saruwatari Uki. De positieve, hardwerkende meiden zullen je zeker opvrolijken!