Tokio in de jaren zeventig. Boze geesten bedreigen de mensenwereld en de enigen die ze kunnen tegenhouden zijn een groep die bekend staat als de Spirit Patrol. Het team, gestuurd vanuit de onderwereld, bestaat uit de heethoofdige Enma, de verwaande Yukiko, de half watergeest Kapael en Chapeau-jii – de geest van de oude man in de vorm van een hoed, die de groep leidt. Dit voorspelt misschien niet veel goeds.
Het speelt zich af in New York in de jaren twintig en volgt het verhaal van Rosette Christopher en haar demonenpartner Chrono. Als leden van de Magdalena Orde reizen ze door het land om demonische bedreigingen voor de samenleving te elimineren, terwijl Rosette op zoek gaat naar haar verloren broer Joshua.
Sakaido is een geniale detective die elke crimineel kan opsporen. Maar wanneer zijn dochter wordt vermoord, komt hij uit wraak aan de andere kant van de wet terecht. Nu hij in de gevangenis zit, helpt hij de politie mysteries op te lossen met behulp van een systeem dat iemands identiteit binnendringt. Beetje bij beetje vormt zich een bloedspoor, dat allemaal terugleidt naar de moordenaar van zijn dochter.
Katana Maidens: Toji no Miko gaat over heiligdommaagden die de wereld sinds de oudheid beschermen door vreemde bestaansvormen, de zogenaamde “Aratama”, met hun zwaarden uit te drijven. Deze meisjes worden ook wel “Toji” genoemd en dienen als officiële politie-eenheid. Bovendien mogen ze van de overheid dienen als overheidsfunctionarissen en zwaarden dragen. Maar dat is nog niet alles, want speciaal voor deze bijzondere meisjes heeft de overheid vijf scholen in het land gebouwd. Naast hun taken kunnen ze ook een heel normaal leven leiden, maar zijn ze ook voorbereid op hun feitelijke taken om mensen te beschermen.
Elk voorjaar selecteren de vijf scholen hun beste Toji en sturen ze naar een toernooi, waar de meisjes hard trainen zodat ze hun school op de juiste manier kunnen vertegenwoordigen en hun vaardigheden kunnen verbeteren.
De 15-jarige Izumiko Suzuhara heeft haar hele leven doorgebracht in het Tamakura-heiligdom, diep in het Kumano-gebergte. Ze is een verlegen meisje en vernietigt elk elektronisch apparaat dat ze aanraakt. Als ze erover nadenkt de bergen te verlaten om de stad te leren kennen, stelt haar voogd Sagara Yukimasa voor dat ze naar een middelbare school in Tokio gaat en geeft haar zijn zoon Miyuki als haar eeuwige beschermer. Izumiko en Miyuki kennen elkaar al sinds hun vroege jeugd, maar hun relatie is niet de beste. Dat verandert wanneer tijdens een schoolreisje een mysterieus wezen genaamd Himegami verschijnt en er een verschrikkelijk incident plaatsvindt. Izumiko ontdekt dat zij de laatste vertegenwoordiger (Yorishiro) is van de Himegami-godin en Miyuki haar beschermer (Yamabushi).
Kanazawa Nobuaki is overgeplaatst naar een middelbare school ver van waar hij woonde. Door een incident op zijn oude school is Nobuaki bang om in de buurt van zijn nieuwe klasgenoten te komen en houdt hij zichzelf op afstand, maar hij begint zich open te stellen vanwege een interklas estafette op een sportdag. Vervolgens wordt er een enkel sms-bericht van iemand die zichzelf de 'Koning' noemt, naar iedereen in de klas gestuurd. Nobuaki's klasgenoten denken dat het een simpele grap is en nemen het niet serieus, maar Nobuaki weet dat er een doodsspel gaat beginnen en heeft moeite om zich daartegen te verzetten...
Nijigasaki High School bevindt zich in Odaiba, Tokio. De school is populair vanwege de vrije schoolstijl en de diverse hoofdvakken. Het verhaal draait om de leden van de school idoolclub in Nijigasaki, en hun poging om te voorkomen dat de club wordt afgeschaft.