Ritsuka Tachibana is een vrouwelijke tweedejaars middelbare scholier die de Shiko Academie in Shiko Town bezoekt. Ze genoot van haar schoolleven terwijl ze bij haar moeder Maria woonde, maar op een dag raakte dat evenwicht in duigen toen ze ontdekte dat een aantal van haar aantrekkelijke, mannelijke klasgenoten demonen zijn.
In de late Edo-periode had Japan een ongekende crisis doorgemaakt door Kurofune (Black Ships), de schepen uit het buitenland. Maar een gigantische robot genaamd Onigami, die al sinds de oudheid bestaat, verdreef de Kurofune-schepen en de uitsluiting van buitenlanders werd bereikt. Het verhaal begint in Japan, waar de Meiji-restauratie in 1868 niet heeft plaatsgevonden.
Ook al is hoofdpersoon Sui Gin arm, hij is een van de beste online spelers. Zijn identiteit is echter bij iedereen onbekend behalve RikuLei, zijn klasgenoot. Het meisje geeft hem een mysterieus mobiel apparaat en voordat ze uitlegt wat het is, wordt ze ontvoerd en raakt Gin onbewust betrokken bij een reeks problematische omstandigheden. Hij probeert een manier te vinden om haar te redden, activeert per ongeluk zijn mobiele apparaat en wordt ondergedompeld in de virtuele wereld van een videogame. Waar zal deze reis naar deze nieuwe wereld Gin naartoe brengen? Wat ga je ontdekken? Wat is de relatie tussen hem, de ontvoering van RikuLei en dit mysterieuze spel?
Het verhaal speelt zich af in een alternatieve wereld genaamd Geminar, waar landen eindeloze oorlogen hebben gevoerd met replica's van mensachtige Seikishi-wapens die ze in oude ruïnes hebben gevonden. De 15-jarige Kenshi Masaki, de halfbroer van Tenchi Muyo! hoofdrolspeler Tenchi Masaki wordt vanuit een andere wereld naar Geminar geroepen.