Het Maison de Ayakashi wordt beschermd door de hoogste beveiliging en het gerucht gaat dat het er spookt, waar alleen excentriekelingen zouden kunnen leven. In werkelijkheid is het een plek waar mensen met niet-menselijke voorouders kunnen leven. De sociaal onhandige Ririchiyo is hierheen gekomen om zichzelf te verbeteren. Ze ontmoet lijfwacht Soushi van de geheime dienst, die de opdracht heeft bewoners te beschermen. Hij heeft een verzoek van haar: 'Maak mij alstublieft uw hond.'
30 jaar na de originele Battlestar Galactica-serie. Bij het bereiken van de aarde, ondernemen de bewoners van de afvallige starfleet actie wanneer ze beseffen dat de aardbewoners niet geavanceerd genoeg zijn om te helpen bij de strijd tegen de Cylons.
Onderzoeksjournaliste Lisa Wallace publiceert een artikel over de moord op haar moeder, wat leidt tot de verdwijning van Amy Reynolds. Zij en rechercheur David Burkely werken samen om Amy te vinden. Hun onderzoek voert hen door heel Ierland, waar meer meisjes vermist raken. Ze volgen elk spoor, maar sommige lopen dood. Ondertussen speelt de moordenaar psychologische martelspelletjes met Lisa en brengt hij haar in compromitterende situaties. Naarmate ze dichter bij het vinden van de moordenaar komen, leren David en Lisa meer over de langgewortelde corruptie in het Garda(politie)-systeem. Om hun sporen uit te wissen, chanteren hooggeplaatste Garda-leden David met zijn eigen geheimen. Het onderzoekspad leidt Lisa uiteindelijk naar de moordenaar, waar ze na al die jaren weer tegenover elkaar komen te staan. Ze moet haar jeugdtrauma confronteren om de vermiste meisjes te redden.
De plot concentreert zich op een aantal 'operaties', de Sapphire en Steel uit de titel. Er wordt in de loop van de serie heel weinig onthuld over hun missie, maar ze zijn blijkbaar vastbesloten om de orde en integriteit van tijd of ruimtetijd te behouden. In de serie wordt uitgelegd dat Tijd als een gang is die alles omringt, maar dat er zwakke punten zijn in het ruimte-tijd continuüm waar Tijd – een potentieel kwaadaardige kracht – het heden kan binnendringen en iets kan stelen. Er zijn ook wezens uit het begin en het einde der tijden die door de gang dwalen op zoek naar dezelfde zwakke punten, in een poging te ontsnappen.
Het beschrijft de voordelen en gevaren van geboren worden als hiphop-royalty in de stad die de New York Times ‘het zwaartepunt van hiphop’ noemde: Atlanta.
Tegen de adembenemende achtergrond van de tropische Whitsunday-eilanden en het wereldberoemde Great Barrier Reef in het noordoosten van Australië, verkent deze serie de complexe, vaak explosieve dynamiek van de bemanning en een wisselende groep veeleisende chartergasten op M/Y Thalassa.