In de magische wereld is magie alles: iedereen kan het gebruiken, en iemands sociale status wordt bepaald door zijn vaardigheidsniveau. Diep in het bos, zich niet bewust van de gang van zaken in de wereld, leeft Mash. Dankzij zijn dagelijkse training is hij een fitnessgod geworden, maar hij herbergt een geheim dat zijn leven op zijn kop zou kunnen zetten: hij kan geen magie gebruiken! Als hij erachter komt, wordt hij, in plaats van dat zijn leven voorbij is, onverwachts ingeschreven op de magische school, waar hij de concurrentie moet verslaan!
Vanuit het riool komen de Ninja Turtles New York binnen en vechten ze tegen kwaadaardige krachten die hun verbeelding te boven gaan. Ga samen met de broers Leonardo, Raphael, Donatello en Michelangelo de strijd aan tegen robot-Kraangs, gemuteerde slechteriken en de meedogenloze leider van de Foot Clan, Shredder.
Als ex-gevangene die naar de gevangenis wordt gestuurd voor een misdaad die hij niet heeft begaan, neemt Rockford zaken aan die anderen niet willen, geholpen door zijn stoere oude man, zijn advocaat-vriendin en enkele duistere medewerkers uit zijn verleden.