Nadat ze zich jarenlang verscholen hebben voor mensen hopen de Turtle-broers nu met heldhaftige acties New York voor zich te winnen en geaccepteerd te worden als gewone tieners. Met hulp van hun nieuwe vriendin April O’Neil gaan ze de strijd aan met een mysterieuze misdaadorganisatie, maar dat blijkt nog niet zo makkelijk. Zeker niet als ze een mutantenleger achter zich aan krijgen.
Een twaalfjarig meisje worstelt met het leven op de vlucht terwijl ze door het land reist met haar vader, die het Tourette-syndroom heeft. Omdat ze niets liever wil dan een normaal gezinsleven, raakt ze bevriend met een gemeenschap van verschoppelingen op het afgelegen platteland die een vluchtige bovennatuurlijke kracht willen benutten die haar vader verbergt.