Een maffia -drug Lord heeft een nieuw, zeer verslavend stimulerend middel op de straten genaamd HT25, afgeleid van haaien die gevangen worden gehouden in een geheim laboratorium, en die monsterlijke bijwerkingen veroorzaakt. Na een explosie en lek in het laboratorium, worden een leger van gemuteerde, bloeddorstige haaien en andere wezens op de wereld losgelaten.
De gevechtslinies zijn getrokken, waardoor oude vrienden Kira en Athrun tegenover elkaar komen te staan in de oorlog. De resulterende strijd zal een keerpunt in hun leven markeren als Athrun en de Zaft-troepen een groot offensief lanceren om de oorlog voor eens en voor altijd te beëindigen!