Wanneer Batman op mysterieuze wijze verdwijnt en enkele machtige schurken opduiken in Gotham City, slaan Nightwing en Robin de handen ineen. De twee bestrijden de misdaad en gaan tegelijk op zoek naar hun vermiste leider.
Na een vierde golf van buitenaardse aanvallen op de Aarde gaat de 16-jarige Cassie op zoek naar haar broer. De aanvallen hebben stroomuitval, tsunami's en plagen met zich meegebracht. De bevolking is gedecimeerd en de mensheid is teruggeworpen naar het stenen tijdperk.