Het is het jaar 2077 en de terroristische organisatie, bekend als de Hamerkoppen van het Rode Leger, domineert nu de aarde. Het lot van de mensheid ligt nu in de handen van het nieuwe model, Ari Frost. Ze is opgeleid onder de vleugels van Alex Rain en moet een leger Cyborg Humans vormen om het regime neer te halen en de controle terug te krijgen. 86,5% wordt immers nog steeds als menselijk beschouwd.
Toen Edward Elric en zijn jongere broer Alphonse klein waren overleed hun moeder. De broers proberen hun moeder te doen herleven en een menselijke transmutatie uit te voeren die taboe is in alchemie.