Macross Delta speelt zich af in het jaar 2067, acht jaar na de gebeurtenissen in Macross Frontier. Het verhaal concentreert zich op Walküre, een team van getalenteerde idolen en het Delta Squadron, een team van ervaren Valkyrie-piloten die strijden tegen het Var-syndroom, een mysterieus fenomeen dat de melkweg verteert, naast het mysterieuze Aerial Knights Valkyrie-jagersteam van het Koninkrijk. van Wind. Deze film hercompileert scènes uit de televisie-anime met nieuwe scènes om een ander verhaal te vertellen.
De tiener Kyle Moore raakt ontworteld van zijn thuisbasis sinds de scheiding van zijn ouders. Hij slaagt er maar niet in om zich aan te passen in zijn nieuwe dorp. Hier kan weleens verandering in komen wanneer hij op een magische app stuit die al zijn posts op sociale media uit doet komen.
Vier van elkaar vervreemde vrienden herenigen zich tijdens een nacht in een afgelegen landhuis dat ooit het thuis was van een sekte die niet zou misstaan naast de Manson-familie. Naarmate de nacht vordert, zorgen de vreemde rituelen, die eerder in het huis plaatsvonden, voor verbindingen tussen het verleden, het heden en het onderbewustzijn. Hierdoor worden de vier geconfronteerd met hun diepste geheimen en meest duistere demonen. Zo niet worden ze erdoor geruïneerd.
Een groep astronauten, werkzaam in een ruimtestation, doet een schokkende ontdekking die alles wat ze denken te weten op zijn kop zet. Na een uitvoering van een wetenschappelijk experiment verdwijnt de Aarde. Wanneer er bovendien een ruimteveer verschijnt, moeten de astronauten vechten om te overleven.
In een post-apocalyptisch landschap dwaalt een voormalig soldaat rond op zoek naar zijn verloren huis en familie. Hij ontmoet een vreemde groep van overlevenden, waaronder cybernetische mensen die hem overtuigen om hen door de woestenij te leiden terwijl ze op zoek zijn naar de legendarische veilige haven, Eden.
De aarde is door grootschalige milieuvervuiling uiteen gevallen. De lucht is gevaarlijk om in te ademen, het water te giftig om te drinken en miljarden mensen zijn gestorven. Generaties later heeft de mensheid eindelijk een rudimentaire samenleving opgericht in een poging de schade te herstellen.