'Early Man' speelt zich af aan in een tijdperk waarin prehistorische schepsels en mammoeten over onze planeet wandelden en vertelt het verhaal over de kleine Dug, die door zijn grootte niet echt geschikt is als holbewoner.
Een groep wetenschappers staat aan de vooravond van 's werelds grootste ontdekking ooit. De vondst van een goed bewaard gebleven gemummificeerde keizer uit 200 voor Christus zorgt er echter voor dat een 2000 jaar oude nachtmerrie tot leven komt. Een zwerm van roofzuchtige trechterspinnen bewaakt het labyrint rond het graf van de eens zo machtige Chinese keizer.
De Russische steppen, zo'n duizend jaar geleden. Stammenoorlogen zijn aan de orde van de dag. Een heidense stam genaamd Wolf valt een troep nomadische Scythen aan en kidnapt de vrouw en het kind van een van hen, de krijger Lubotor.
Voor Felix gaat het heel goed op het Otto-Leonhard-Gymnasium, waar de geest van de oprichter met dezelfde naam nog steeds rondwaart. Maar het welwillende spook wordt tot groot verdriet van de studenten vergezeld door de geest van de vervelende voormalige directrice Hulda Stechbarth.
Het heidense Semgallen in de dertiende eeuw. De jonge Namejs wordt koning na de dood van regent Viesturs. Hij erft de ring der koningen, die hem het recht geeft te regeren. Namejs moet zijn volk zien te verenigen tegen de gewelddadige kruistochten van buiten zijn land.
Het leven kabbelt rustig voort in het Italiaanse plaatsje Vinci. Leo heeft problemen met zijn geweldige uitvindingen en krijgt hulp van zijn vriend Lorenzo. Wanneer er een mysterieuze verhalenverteller in het dorp arriveert en spreekt over een verborgen schat, begint er een avontuur voor Leo en zijn vrienden.
Thomas is ontsnapt uit het labyrint, overleefde de Scorch Trials en moet nu een laatste test ondergaan. Wat WICKED niet weet, is dat zijn herinneringen verder teruggaan dan de organisatie vermoedt.