Het filmpje begint op het platteland, waar een boer genaamd Ernie (gemodelleerd naar het personage Linguini uit Ratatouille) ligt te slapen in zijn huis. Vanuit de lucht daalt een UFO neer. Aan boord bevindt zich een jonge alien genaamd Stu, die een examen in het ontvoeren van mensen moet afleggen onder toezicht van zijn instructeur, Mr. B. Hiertoe moet hij met een trekstraal Ernie succesvol uit zijn bed tillen, en door het raam naar de UFO halen.
Vijftien jaar geleden zijn vijf vrienden ontvoerd geweest door buitenaardse wezens; slechts vier van hen zijn teruggekeerd. Nu hebben deze vier mannen het voor elkaar gekregen om een zo'n buitenaards wezen "die hun vriend vermoord heeft en hun levens geruïneerd heeft" gevangen te nemen. Tijd voor wraak... van beide zijden.
Als er in Karakura opeens veel geesten tevoorschijn komen, worden Ichigo Kurosaki en Rukia Kuchiki erop afgestuurd om ze te verslaan. Daarbij ontmoeten ze een meisje, Senna, die de geesten makkelijk verslaat. Senna vertelt dat ze een shinigami is maar wil verder geen vragen beantwoorden. Hierop besluiten Ichigo en Rukia haar te volgen. Ondertussen is er in de lucht van Soul Society de echte wereld te zien.
Marshall Lawson verliest zijn gevechtsteam in een koelbloedige en schijnbaar willekeurige aanval. Hierna neemt hij de taak op zich om de verdachte omstandigheden van deze brutale moord te onderzoeken. Spoedig brengt hij Majestic CTX aan het licht, een militaire operatie die zo geheim is dat Marshall nu geëlimineerd moet worden. Resoluut in zijn achtervolging komt Marshall in gevecht met een drugshandelaar, die in het geheim door een militair gefinancierd wordt.
De meeste mensen hebben het wel eens meegemaakt: het vreemde gevoel wanneer je ergens bent, iemand ziet of een situatie beleeft en denkt het eerder meegemaakt of gezien te hebben. Maar wat als deze gevoelens in werkelijkheid waarschuwingen zijn uit het verleden of puzzelstukjes voor de toekomst? Inspecteur Doug Carlin wordt ingeschakeld om bewijsmateriaal te verzamelen wanneer er een bom is ontploft op een boot in New Orleans.
In drie verhaallijnen,die zich in verschillende tijden afspelen, worden tegenstrijdige visies op het levenseinde verteld. Een laborant wordt, door de ziekte van zijn vriendin, met zichzelf en zijn onderzoeksdoelen geconfronteerd. De levensbeschouwelijke crisis die de onderzoeker moet doormaken doet hem beseffen dat er meer is dan alleen wetenschappelijke feiten...
Superman stemt ermee in zijn krachten op te offeren om een relatie met Lois Lane te beginnen, niet wetende dat drie Kryptonische criminelen die hij per ongeluk heeft vrijgelaten de aarde veroveren.
Een folkloreprofessor raakt onbewust bezeten door de oude Japanse demonen Donder en Bliksem. Maar wanneer het Bureau of Paranormal Research & Defense een team agenten op onderzoek uitstuurt, stuurt een vervloekt samoeraizwaard Hellboy naar een bovennatuurlijke dimensie vol geesten, monsters en feodale chaos. Terwijl de pyrokinetische Liz Sherman en de visjongen Abe Sapien tegen een zeer pissige draak vechten, moet een verdwaalde en chagrijnige Hellboy de weg naar huis vinden.
Atsuko Chiba is een psychiatrice die geavanceerde technologie hanteert om het brein van haar patiënten te doorgronden. Ze leidt een dubbelleven als Paprika, een high-tech detective die dezelfde technologie gebruikt om te achterhalen wat er in de gedachten omgaat van de mensen die ze zoekt. Wanneer de technologie echter gestolen wordt moet Paprika er snel achteraan, aangezien de hele stad in een golf van psychologische instabiliteit verkeert.
Rupert Angier en Alfred Borden zijn al van jongs af aan, toen ze nog lerende goochelaars waren, elkaars rivalen geweest. Nu, rond 1900, zijn ze beiden volleerde illusionisten en is hun rivaliteit tot immense proporties gegroeid.
In de nabije toekomst wordt de wereld geplaagd door een totale onvruchtbaarheid van het menselijk ras. Sinds 2009 zijn er geen kinderen meer geboren. Dan komt het schokkende nieuws dat de jongste persoon op aarde - die achttien jaar is - gestorven is. Er ontstaat complete chaos, en een voormalig revolutionair wordt ingeschakeld om de meestgezochte persoon op aarde te beschermen: de laatste zwangere vrouw.
Het is 2034, twee jaar nadat Motoko Kusanagi Section 9 heeft verlaten. Togusa is de nieuwe leider van een nu aanzienlijk groter team. Sectie 9 wordt geconfronteerd met een serie van ingewikkelde incidenten waar een hacker genaamd "Puppet Master" voor verantwoordelijk blijkt te zijn.
Joe, een doodgewone soldaat, wordt door het Pentagon uitgekozen om aan een geheim experiment mee te werken. Het is de bedoeling dat hij een jaar wordt ingevroren, maar hij wordt vergeten en ontwaakt pas in de 26e eeuw. Joe komt terecht in een samenleving waarin de bevolking op Aarde uit ontzettend domme mensen bestaat, zodat hij meteen de meest intelligente persoon op Aarde is...