De film speelt zich af in twee gescheiden werelden. De eerste is een toekomstige versie van de Aarde waar in november 2012 een gigantisch monster uit de Stille Oceaan opdook en de stad Osaka in Japan aanviel. De andere wereld is de Anteverse, waar het monster vandaan kwam.
Op een internationale school in Jakarta zet een leraar filosofie zijn klas voor het blok met het volgende vraagstuk: welke tien leerlingen zouden in het geval van een nucleaire apocalyps plaats mogen nemen in een ondergrondse schuilkelder, om vanuit daar het menselijk ras te doen overleven. De klas bestaat uit twintig leerlingen, dus de helft zal moeten afvallen. Wie zal men kiezen en waarom?
Actrice Robin Wright heeft haar identiteit op naam van een studio laten zetten en het contract verbiedt haar om in eigen persoon of als actrice op tv te verschijnen. Ze vindt het vreselijk om haar werk als actrice te moeten neerleggen, maar haar vrienden en familie zien het als de enige manier om een langdurige carrière te kunnen forceren. Ondertussen belooft de studio om haar altijd 32 jaar oud te laten lijken, terwijl ze in werkelijkheid al 44 is. Twintig jaar later fuseert de studio met een almachtig Japans farmaceutisch bedrijf, en dan komt het contract van Wright aan de beurt voor een hernieuwing...
Een groep austronauten maakt een bijzondere reis naar de Galileïsche maan Europa, de kleinste maan die rondom de planeet Jupiter draait, om op zoek te gaan naar buitenaards leven. De reis zelf blijkt zwaarder en vermoeiender te zijn dan de astronauten hadden verwacht, en eenmaal aangekomen bij hun eindbestemming komen ze oog in oog te staan met iets waarop ze zich niet hadden voorbereid.
Gerry Lane is een toegewijde vader en echtgenoot die werkt voor het leger en de overheid. Wanneer een zombie-apocalyps uitbreekt, wordt Gerry door de regering gevraagd om de invasie tegen te gaan. Tegelijkertijd moet hij zijn vrouw en kinderen beschermen tegen de verbazingwekkend snelle, vleesetende zombies.
Voordat de stervende planeet Krypton ontploft stuurt wetenschapper Jor-El zijn enige zoon, de pasgeboren Kal-El, naar planeet Aarde. Het ruimteschip van de baby crasht in het weiland van Jonathan en Martha Kent. Zij voeden Kal-El op en geven hem een nieuwe naam: Clark Kent. Clark groeit op als normale jongen, maar weet dat hij anders is dan andere kinderen. Niet iedereen kan immers een schoolbus optillen.
De Verenigde Staten worden geteisterd door misdaad en overvolle gevangenissen, daarom besluit de overheid om een jaarlijkse ‘Purge’ van 12 uur in te stellen. Tussen 19.00 uur en 07.00 uur is elke misdaad, zelfs moord, legaal. De politie is niet te bereiken en ziekenhuizen sluiten hun deuren. Het is één keer per jaar waarop de burgers hun gang kunnen gaan zonder gestraft te worden.
Duizend jaar nadat catastrofale gebeurtenissen de mens gedwongen hebben om de Aarde te verlaten is Nova Prime de nieuwe thuishaven van de mensheid geworden. De legendarische general Cypher Raige keert terug huiswaarts na een lang dienst.
Gerard (Cristian Slater) is samen met drie andere astronauten op een missie wanneer hun ruimtestation plots wordt getroffen door een meteoriet. Ze komen er al snel achter dat de sporen van de meteoriet celstructuur kunnen reproduceren en muteren. Ava (Amy Matysio), de enige vrouwelijke astronaut, raakt besmet en krijgt in een rap tempo verschijnselen van een zwangerschap. Binnen 36 uur wordt er een wezen geboren dat zich in een ander bemanningslid muteert. Als het virus zich snel begint te verspreiden dringt Gerard er op aan om Eva te doden...
'Star Trek into Darkness' volgt de bemanning van de Enterprise, als zij terug naar de Aarde worden geroepen. Daar ontdekken ze dat een niet te stoppen terreurbeweging binnen de Starfleet de vloot heeft vernietigd, samen met alles waar zij voor staat. Als gevolg daarvan verkeert de wereld in staat van crisis en moet Captain Kirk (Chris Pine) een klopjacht leiden op de verantwoordelijken. Hij blijkt daarbij nog een persoonlijke rekening te moeten vereffenen.
Diep in de tweede Koude Oorlog streeft het ministerie van defensie van Groot-Brittannië naar een ander en ultiem wapen. De computerprogrammeur Vincent McCarthy komt onverwacht met een antwoord in de vorm van 'The Machine', een supersterke menselijke cyborg. Wanneer een fout in de programmatuur er voor zorgt dat zijn laboratorium vernield wordt, neemt McCarthy zijn creatie mee onder de grond, ver weg van nieuwsgierige ogen.