Een UFO-expert probeert met de hulp van een taxichauffeur twee broers en zussen met paranormale krachten te redden. Dit, omdat een kwade organisatie de kinderen wil gebruiken voor hun snode plannen.
De film begint met een scène uit de originele film; WALL•E hangt aan de buitenkant van EVE’s schip en veegt met zijn hand door de ringen van Saturnus. Een van de steendeeltjes die hierdoor loslaat wordt een meteoriet en vernielt een lamp aan de buitenkant van het ruimteschip Axiom. Een BURN-reparatierobot (wat staat voor "Basic Utility Repair Nano Engineer") genaamd BURN-E wordt door de SUPPLY-R, een magazijnrobot, naar buiten gestuurd om de lamp te vervangen. Terwijl hij bezig is, arriveert EVE’s schip bij de luchtsluis aan en vliegt naar binnen. BURN-E wordt afgeleid door WALL•E en laat de lamp vallen.
De Clone Wars zijn in volle gang en Anakin Skywalker krijgt tegen z'n zin in een leerlinge toegewezen. Samen met zijn Padawan wordt hij uitgezonden naar Tatooine om Jabba The Hutt te helpen zijn ontvoerde zoon te vinden. Maar Count Dooku ligt ook op de loer en is eropuit de steun van Jabba The Hutt te winnen door de Jedi op te laten draaien voor de ontvoering.
Zevenhonderd eenzame jaren doet de robot WALL-E waarvoor hij gemaakt is: het schoonhouden van de aarde. Zijn enige vertier lag in het verzamelen van prullaria. Maar dan ontmoet hij een zoekrobot genaamd EVE. Samen reizen ze door het hele heelal en beginnen aan een van de meest opwindende en fantasierijke avonturen allertijden.
Dr. Bruce Banner probeert te leven met zijn alter-ego The Hulk, een groen, groot en enorm sterk wezen dat verschijnt als hij kwaad begint te worden. Dit is absoluut niet eenvoudig aangezien er horden mensen achter hem aan zitten die misbruik willen maken van zijn bijzondere krachten. Maar dan ineens verschijnt The Abomination (Tim Roth), een kwaadaardig en wild beest. Banner ziet zichzelf genoodzaakt zijn krachten te gebruiken om de stad te redden van dit afschuwelijke monster.
Tony Stark is een multimiljardair, industrialist en bovenal een geniale uitvinder. Hij wordt ontvoerd en gedwongen om een verschrikkelijk wapen te bouwen. In plaats daarvan construeert hij een ingenieus ijzeren pak waarmee hij weet te ontsnappen. Als hij terugkeert in de V.S. ontdekt hij een complot dat de stabiliteit van de wereld in gevaar brengt. Onder zijn alias Iron Man probeert hij het tij te keren.
Drie tieners vinden een tijdmachine uit. Deze besluiten ze te gebruiken om vernederende gebeurtenissen uit het verleden uit te wissen. Wanneer hogere machten achter deze uitvinding komen, verkeren de jongens in gevaar.
Een ongeval in een medisch laboratorium geeft aan een Beagle-jachthond genaamd Shoeshine een paar bijzondere superkrachten: hij wordt hoogbegaafd en kan spreken. Het is een geheim dat de hond uiteindelijk moet delen met een 12-jarige jongen genaamd Jack (Alex Neuberger) die zijn eigenaar en vriend wordt. Shoeshines bijzondere eigenschappen komen goed van pas als hij zijn liefje 'Sweet' Polly Purebred en de burgers van Capitol City moet beschermen tegen de kwaadaardige Simon Bar Sinister (Peter Dinklage).
De Silver Surfer komt de aarde bezoeken, wat betekent dat aarde een ramp tegemoet kan zien. Terwijl deze Silver Surfer over de wereld rondraast en overal waar hij komt chaos en vernietiging achterlaat, komt het Fantastic Four team in actie om hem tegen te houden en tevens de terugkeer van hun aartsvijand Dr. Doom tegen te gaan.
Een buitenaardse symbiote van een andere wereld geeft Peter Parker, alias Spider-Man, nieuwe krachten en een zwart pak die hij goed kan gebruiken om enkele nieuwe vijanden mee te bestrijden. Peters leven lijkt geweldig te zijn met zijn nieuwe pak, totdat hij en zijn geliefden merken dat er iets niet klopt in zijn gedrag...
Het filmpje begint op het platteland, waar een boer genaamd Ernie (gemodelleerd naar het personage Linguini uit Ratatouille) ligt te slapen in zijn huis. Vanuit de lucht daalt een UFO neer. Aan boord bevindt zich een jonge alien genaamd Stu, die een examen in het ontvoeren van mensen moet afleggen onder toezicht van zijn instructeur, Mr. B. Hiertoe moet hij met een trekstraal Ernie succesvol uit zijn bed tillen, en door het raam naar de UFO halen.
Via de mutant Jimmy heeft men een 'geneesmiddel' voor mutatie uitgevonden. Voor het eerst in hun leven hebben mutanten nu een keus: hun krachten, waardoor ze niet geaccepteerd worden door de samenleving, behouden of hun krachten opgeven zodat ze menselijk worden. Ondertussen probeert Magneto een leger mutanten bij elkaar te krijgen om het geneesmiddel te vernietigen en ontdekken Charles Xavier en zijn mutanten dat Jean Grey terug is. Maar ze is niet helemaal zichzelf.
Wanneer een experimentele ruimtevlucht verkeerd afloopt veranderen Reed Richards, Sue Storms, haar broer Johnny Storms en piloot Ben Grimm van lichaamsstructuur, waardoor zij superkrachten krijgen. Al snel wordt dit bekend aan de buitenwereld, die ze een superhelden status geeft. De elastische Mr. Fantastic, de onzichtbare Invisible Woman, de ontvlambare Human Torch en the Thing, een man van steen met enorme krachten, bundelen als 'the Fantastic Four' hun nieuw verworven kunsten samen om Victor von Doom tegen te houden, die snode plannen heeft met de wereld!
De Clone Wars razen naar hun hoogtepunt als Kanselier Palpatine wordt ontvoerd door General Grievous, een inmiddels bekende Jedi-doder. Anakin Skywalker en Obi-Wan Kenobi strijden als broers in dit gevecht om hem te redden en ze gaan een laatste confrontatie aan met de leider van de seperatisten, Count Dooku.
Dr. Drakken heeft een nieuw plan om de wereld te onderwerpen, maar hiervoor moet hij eerst het zwakke punt van Kim Possible zien te vinden. Hij bedenkt dat het misschien via de liefde lukt. Hij probeert daarom aan te pappen met Eric, een nieuwe jongen op school, die het hart van Kim voor zich wint. Ron vindt dit niet leuk en gaat in de tegenaanval.
Lilo, Stitch en hun Ohana hebben zich weer gesetteld na hun laatste avontuur, totdat er zich een probleem voordoet. Stitch krijgt namelijk een "Glitch", hierdoor daalt zijn goedheidsniveau, dat ooit zo hoog was, aanzienlijk en nu wordt Experiment 626 weer slecht. En dit heeft meer invloed op zijn Ohana dan eerst zou lijken...
Nieuwe avonturen van Peter Parker, sympathieke student, part-time fotograaf en superheld. Nadat hij in de vorige film geslaagd is voor zijn high-school diploma besluit Peter colleges te volgen aan de New Yorkse Empire State Universiteit. Terwijl hij met diverse persoonlijke problemen zit wordt hij geconfronteerd met de briljante Dr. Otto Octavius, die door een wetenschappelijk ongeluk met enkele mechanische tentakels in de slechte Doctor Octopus is veranderd.
The Zettabytes, de band van Samantha, heeft weinig succes. Dan komt haar vriend op het idee om met de door zijn vader ontworpen technologie een virtuele zangeres aan de band toe te voegen. Loretta Modern maakt de band meteen succesvol, maar Samantha heeft er gemengde gevoelens bij.
Wanneer een onbekende, vermoedelijk een mutant met buitengewone krachten, de president aanvalt krijgen de mutanten met nog meer argwaan en discriminatie te maken dan al het geval was. Er komt bredere steun in de samenleving voor een registratieplicht voor mutanten. Militair leider William Stryker is één van de grootste voorstanders van dit plan, en leidt een aanval op de X-Men opleiding. De ontsnapte Magneto begint een opmerkelijke samenwerking met Professor Xavier om Stryker te stoppen. Ondertussen begint Wolverine een onderzoek naar zijn verleden.