Wayne Szalinski is een verstrooide wetenschapper die een verkleinmachine ontwikkelt. Wanneer iemand een honkbal door de ruit en in de baan van de laser van de machine slaat, begint deze te werken. Wayne's kinderen en twee buurkinderen worden verkleind. Wayne veegt ze per ongeluk op, en zet ze weg bij het afval, en dus moeten de kinderen door de tuin reizen, terug het huis in.
Vijf jaar na de gebeurtenissen in de eerste film zitten de Ghostbusters midden in de rechtszaken, en raken ze bankroet. Wanneer Dana echter weer problemen begint te krijgen met geesten komen de jongens weer in actie. Ze worden echter al snel gearresteerd. De Ghostbusters komen er achter dat New York opnieuw op het punt staat door bovennatuurlijk kwaad overspoeld te worden, en besluiten de stad nogmaals te redden.
Ned en Jim waren niet van plan om uit de gevangenis te ontsnappen. Omstandigheden dwingen hen echter deel te nemen aan een ontvluchting. Met de politie op de hielen belanden ze in een klein stadje in New England, bekend om zijn mirakels. Een mirakel kunnen beide boeven goed gebruiken als ze uit de armen van de wet en in leven willen blijven. De inwoners van het stadje denken dat Ned en Jim verloren gelopen priesters zijn. De perfecte dekmantel, op voorwaarde dat ze niet uit hun rol vallen. Ned en Jim spelen het spel mee en proberen ondertussen tevergeefs de Canadese grens over te steken. Ze worden immers nog altijd gezocht.
Premiejager Tommy Nowak is van alle markten thuis als het erop aankomt zijn doel te bereiken. Hij ontpopt zich van geroutineerde deejay of rodeoclown, tot casinocroupier met als doel zijn prooi op het gepaste moment en liefst onverwachts in de boeien te slaan. De zaak "Lou Ann McGuinn" is dan ook een echte uitdaging voor Tommy. Lou Ann is er niet alleen vandoor met de roze Cadillac die ze van haar echtgenoot heeft "geleend", ze heeft ook hun acht maanden oude baby bij zich en een pak valse dollars die in de auto verstopt zaten en die aan een bende blanke extremisten toebehoort. Het begin van een dolle achtervolging.
De machtige en oprechte Graaf Mardulak is de leider van de laatste overgebleven gepensioneerde vampiers. Hij beseft dat ze hun toekomst moeten veiligstellen zonder mensen te doden en roept de hulp in van een bloeddeskundige. Maar niet alle vampiers zijn het met hem eens, want als er bezoekers in hun dorp komen, denken ze maar aan één ding: lunch!
Wanneer een man wordt vermoord zijn er twee getuigen. Het probleem is echter dat de één doof is, en de ander blind. De politie denkt niet dat het geloofwaardige getuigen zijn, maar de moordenaars nemen het zekere voor het onzeker en willen de twee uit de weg ruimen. De twee moeten nu samenwerken om zichzelf te redden en de moordenaars te ontmaskeren.
Schecky Moskowitz, een verdienstelijke jonge komediant, belandt als bediende op een cruiseschip, als de Miss-Universe verkiezing op het schip wordt gehouden. De grote man aan boord is Dickie Diamond, ook komediant, en vrouwenverslinder. Tot er opeens een groep terroristen het schip probeert te bestormen. Schecky probeert de boel te redden...
Louise is een buitenbeentje op de middelbare school. Als ze ontdekt dat ze een heks met superkrachten is, gebruikt ze deze in eerste instantie om wraak te nemen op de populaire meiden en gemene leraren. Later ontdekt ze dat het niet eerlijk is om op die manier populair te worden. Maar dan is het al te laat...
De extravagante agent Michael Dooley heeft hulp nodig om een drugsdealer te vinden die een poging gedaan heeft hem te vermoorden. Een vriend geeft hem de hond Jerry Lee, die getraind is om drugs te ruiken. Met zijn hulp gaat Dooley op zoek naar zijn vijand. Jerry heeft echter zo z'n eigen persoonlijkheid, en doet waar hij zin in heeft.
Het is het laatste weekend van de zomer en een groep Californische tieners kijkt uit naar een komende surfwedstrijd. Rivaliserende bendes de 'Vals' en de 'Lowks' hebben er vertrouwen in dat ze de trofee mee naar huis zullen nemen, maar de zaken worden ingewikkeld wanneer Reef Yorpin - leider van de Lawks - ontdekt dat zijn zus Allie verliefd is geworden op 'Val'-surfer Nick na een ontmoeting op een strandfeest.
Doug Simpson leeft alleen met zijn twee dochters Katie en Bonnie. Katie is net 15 geworden, en wanneer Doug de stad uit is voor zaken krijgt Katie een "make-over": haar beugel gaat eruit en ze neemt lenzen. Ze is ineens een mooie meid en de jongen staan voor haar in de rij. Doug moet er echter erg aan wennen dat zijn kleine meid zo populair is.
De nietsnut Lloyd Dobler wil niets liever dan met de mooie en intelligente Diane uitgaan. Voor ze naar Engeland vertrekt voor haar studie probeert Lloyd haar hart te winnen. Hij krijgt hierbij te maken met haar beschermende vader.
Dr. Weitzman behandelt patiënten in een inrichting. Hij is ervan overtuigd dat het enige wat zijn groep nodig heeft frisse lucht en een tijdje weg uit de inrichting is. Hij krijgt toestemming om zijn groep mee naar New York te nemen. Hij raakt echter per ongeluk betrokken bij een misdrijf en hij belandt in het ziekenhuis. De groep blijft achter in het centrum van New York en ze zijn gedwongen zich te redden op een plek die nog gekker is dan de inrichting.