Drie tijdreizigers lijden na een mislukte missie aan collectief geheugenverlies. Hun eigen identiteit kennen ze niet meer en ze beseffen dat ze in groot gevaar verkeren. Een geheime overheidsinstelling, onder leiding van een zekere Holden wil hen immers uitschakelen. Als hun geheugen geleidelijk terugkeert, bundelen ze hun bovennatuurlijke krachten om strijd te leven tegen de organisatie, die een nieuw kinderras wil elimineren..
Mark is een zwarte leraar van Amerikaanse afkomst. Hij is Amerikaan, maar heeft een onderwijscarrière in Engeland achter de rug. Na zijn pensioen keert hij uit Londen terug naar Amerika. Daar ontmoet hij een vroegere vriend, die nu schooldirecteur is en hopeloos op zoek naar een leraar geschiedenis. Mark aanvaardt de job, maar de studenten waar hij komt voor te staan zijn niet bepaald 'schatjes'. Moeizaam probeert hij hen respect, vertrouwen en een gevoel van eigenwaarde bij te brengen. Tot hij één van zijn studenten betrapt met een revolver en de politie eraan te pas komt.
Terwijl tijdens de Burgeroorlog duizenden soldaten sneuvelden, werden hun gevangen strijdmakkers in Camp Andersonville als beesten behandeld. Om te overleven in dit helse concentratiekamp was er slechts een oplossing: ontsnappen.
Een echtpaar wordt beschuldigd van de moord op hun eigen dochter. Voordien waren ze een gelukkig gezin, maar nu lijkt het wel of ze in de hel terecht zijn gekomen.
De film begint zes jaar na de serie. Alf is gevangen door de Alien Task Force en wordt nu vastgehouden in een geheime basis in de woestijn (gelijk aan Area 51). Het leger houdt hem nauw in de gaten. Wanneer blijkt dat het project zal worden gesloten, geeft kolonel Milfoil het bevel Alf te laten executeren. Twee medewerkers van het project, Dr. Rick Mullican en Dr. Melissa Hill, besluiten Alf te redden. Ze smokkelen hem de basis uit en nemen hem mee naar een paar collega-wetenschappers. Die willen Alf aan de hele wereld tonen.