Kotaro Mochizuki is een timide, introspectieve tiener die naar een particuliere middelbare school gaat. Op een dag ontdekt hij een mysterieus oud boek en vanaf die dag, wanneer hij zich in een moeilijke situatie bevindt, verandert hij in een samoerai krijger.
Expert Stel Pavlou en geoloog Jess Phoenix onderzoeken een nieuw spoor van bewijs, waarbij verzonken steden, oude artefacten en geologische rampen worden opgegraven, in een zoektocht om het grootste archeologische mysterie aller tijden op te lossen.