In Puppets Who Kill zijn Rocko the Dog, Cuddles the Comfort Doll, Buttons the Bear en Bill the Dummy vier levende, antropomorfe poppen met een geschiedenis van criminaliteit en recidive. Canadese rechtbanken stuurden ze allemaal naar een opvanghuis voor poppen, beheerd door een man genaamd Dan Barlow.
Hij komt maar één keer per jaar en brengt dan vreugde in het leven van kinderen, want hij vervult al hun droomwensen. Hij staat bekend als de Hogfather. Maar dit jaar loopt niet alleen het Hogswatchfeest gevaar, maar ook een noodzakelijke menselijke zwakheid: geloof.
Ryunosuke, die reclamespots maakt, wordt door een vriend van school uitgenodigd om naar het strand te komen. Ryunosuke slaat het aanbod aanvankelijk af vanwege zijn werkdruk, maar als hij hoort dat er meisjes komen, zegt hij ja. Enkele maanden later hoort hij van Chiyo - een meisje dat hij die dag ontmoette - dat ze zwanger van hem is. Hoewel dit nieuws Ryunosuke aanvankelijk verontrust, besluit hij uiteindelijk de baby groot te brengen. Maar hij zal later te maken krijgen met sterke bezwaren van Chiyo's vader, de situatie op het werk en vele andere obstakels. Met de hulp van hun vrienden en familie zetten Ryunosuke en Chiyo een stap voorwaarts op het pad naar het huwelijk en de geboorte van hun baby.