In 2100 fungeert de nieuw gebouwde Bayside City als de belangrijkste internationale haven van Japan. De Angel Arms Company is opgericht door een voormalige politieagente genaamd Takako, om met gewapende veiligheidspakken de strijd tegen het terrorisme te helpen voeren. Wanneer de burgemeester wordt vermoord, beschermen de vrouwen van Angel Arms uiteindelijk de kwaadaardige misdaadheer Hassan, in de hoop dat zijn informatie zal helpen een wereldwijde terreurring neer te halen. Takako staat met de rug tegen de muur als een bende criminelen plannen maakt om Hassan te vermoorden, en de leider van de organisatie blijkt de voormalige minnaar te zijn van Angel Arms 'eigen Alisa.
De allereerste Gear die ooit ter wereld is gemaakt, wordt gestolen. Het toestel, genaamd Kaiservern, verslaat de prijswinnaars van de Australische conventie één voor één. Kouya en Manganji, die een prijs hebben gewonnen op de Azië-conventie, worden ook doelwitten. Wanneer de onbekende uitrustingsjager die Kaiservern afhandelt voor Kouya en Manganji verschijnt, besluiten de twee jongens samen te vechten om de overwinning op hun vijand te behalen.
In het jaar 1999 opende een team van VN-wetenschappers, in een poging om een nieuwe energiebron aan te boren op een verlaten eiland genaamd Samsara, onbewust een portaal naar een ander universum, waardoor sluimerende biomechanische entiteiten vrijkwamen. Drie jaar later keert Takuya Goroza terug naar het eiland Sansara, aangespoord door een mysterieus verzoek van studiegenoot Haruka Alford. Hij weet niet dat zijn oude vriend niet is wat hij lijkt te zijn...